[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3nxe: X-ray structure of ester chemical analogue 'covalent dimer' [Ile5... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3nxe | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | X-ray structure of ester chemical analogue 'covalent dimer' [Ile50,O-Ile50']HIV-1 protease complexed with MVT-101 inhibitor | ||||||
![]() | protease covalent dimer | ||||||
![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / beta-barrel / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torbeev, V.Y. / Kent, S.B.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis. Authors: Torbeev, V.Y. / Raghuraman, H. / Hamelberg, D. / Tonelli, M. / Westler, W.M. / Perozo, E. / Kent, S.B. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 92.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 76.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 709 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 711.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3fsmC ![]() 3hauC ![]() 3hawC ![]() 3hboC ![]() 3hdkC ![]() 3hloC ![]() 3iawC ![]() 3ka2C ![]() 3nwqC ![]() 3nwxC ![]() 3nxnC ![]() 3nygC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 21892.635 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: covalent dimer HIV-1 protease / Mutation: Ile50'[O-Ile] / Source method: obtained synthetically / Details: chemical protein synthesis / References: UniProt: O38716*PLUS, HIV-1 retropepsin | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-2NC / | ||
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.1 Å3/Da / Density % sol: 41.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.1 M Citrate, 0.2 M Sodium Phosphate, 30% (w/v) Ammonium Sulfate, 10% (v/v) DMSO, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 30, 2007 |
Radiation | Monochromator: Cryo-Cooled Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 24541 / Num. obs: 24296 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 103.2 / Observed criterion σ(I): 103.2 / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 15.04 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Mean I/σ(I) obs: 2.22 / % possible all: 98 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.366 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.61→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.607→1.649 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|