PDB-3nx0: Hinge-loop mutation can be used to control 3D domain swapping and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nx0

タイトル

Hinge-loop mutation can be used to control 3D domain swapping and amyloidogenesis of human cystatin C

要素

Cystatin-C

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / cysteine protease inhibitor / 3D domain swapping / protein engineering / protein oligomerization / protein aggregation / amyloid

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of collagen catabolic process / negative regulation of elastin catabolic process / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of peptidase activity / peptidase inhibitor activity / negative regulation of extracellular matrix disassembly / regulation of tissue remodeling / endopeptidase inhibitor activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / supramolecular fiber organization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Orlikowska, M. / Jankowska, E. / Kolodziejczyk, R. / Jaskolski, M. / Szymanska, A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Hinge-loop mutation can be used to control 3D domain swapping and amyloidogenesis of human cystatin C.
著者: Orlikowska, M. / Jankowska, E. / Kolodziejczyk, R. / Jaskolski, M. / Szymanska, A.

履歴

登録	2010年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nx0.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nx0.ent.gz	46.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/3nx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/3nx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yk0-1 4kv4-d 6axq-2 6z7f-d 6roa-2 5h6y-d 3i3j-9 6ffe-d 7nq5-d 3p1e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Cystatin-C

B: Cystatin-C

ヘテロ分子

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cystatin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cystatin-C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.316, 76.316, 97.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Cystatin-C / Cystatin-3 / Neuroendocrine basic polypeptide / Gamma-trace / Post-gamma-globulin 分子量: 13380.112 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-146 / 変異: V57N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CST3 / プラスミド: pHD313 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P01034
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	AUTHORS STATE THAT THE CHIRALITY CHANGE AT CA ATOM OF ASN A57 IS CAUSED BY AN INTERMOLECULAR ...AUTHORS STATE THAT THE CHIRALITY CHANGE AT CA ATOM OF ASN A57 IS CAUSED BY AN INTERMOLECULAR HYDROGEN BOND WITH H90 RESIDUE FROM A MOLECULE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. THIS INTERACTION BETWEEN THE CARBONYL O ATOM OF N57 AND THE N ATOM OF H90 MAY ADDITIONALLY FORCE THE ASPARAGINE TO ADOPT THE STRAINED CONFORMATION.
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.93 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M ammonium sulfate and 25% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81272 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2008年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 20617 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1451 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.05 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22474	998	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17899	-	-	-
obs	0.18137	18703	95.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0.4 Å²	0 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1722	0	10	173	1905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.836	1.945	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.772	5	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.222	23.548	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.789	15	309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.583	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.248	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.93	1.5	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.593	2	1780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.823	3	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.551	4.5	670
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	39	-
R_work	0.254	989	-
obs	-	-	68.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2714	3.1293	-4.6283	3.2599	-1.052	11.8446	-0.1207	-0.9599	-0.3524	0.186	0.1923	-0.2801	-0.0676	0.6391	-0.0717	0.2386	-0.0561	-0.0339	0.497	0.0333	0.2382	20.5421	-33.0217	12.1677
2	10.1877	0.414	6.5379	2.3908	-0.9705	10.2535	-0.0523	-0.3011	0.327	0.0876	0.0369	0.0984	-0.7248	-0.3161	0.0153	0.1529	-0.026	0.0524	0.1452	-0.0222	0.1846	12.4608	-26.8944	1.8019
3	40.3432	3.0367	-6.3945	7.0535	1.8	8.5478	-0.2143	1.3226	0.872	-0.2686	0.2269	0.0097	-0.5567	-0.1665	-0.0126	0.1844	-0.0222	0.0196	0.2557	0.1226	0.1078	3.6106	-27.779	-10.3127
4	7.3037	0.8177	3.054	1.8419	0.1221	2.9963	0.0971	-0.2666	-0.3383	0.1485	0.0216	-0.1385	-0.0252	-0.0334	-0.1186	0.1252	-0.0232	0.0266	0.1999	-0.045	0.1326	14.3062	-33.1422	4.4504
5	8.6084	-0.1005	1.3547	1.1564	0.29	2.7506	0.1141	0.0387	0.0153	0.0964	-0.0137	0.0554	-0.1933	-0.0786	-0.1004	0.1168	-0.0088	0.0481	0.1335	0.0068	0.0875	9.2076	-32.1009	0.8191
6	7.4205	0.9339	-2.0173	4.2414	2.1724	14.1955	0.3132	-0.2659	0.8359	0.0078	0.1023	0.6291	-1.4176	-0.198	-0.4156	0.1986	0.0931	0.0938	0.2504	0.0085	0.2143	-4.3646	-29.1153	1.4505
7	17.2098	2.6243	3.0273	2.144	-0.6135	2.4813	0.3435	-0.3967	-0.7738	0.006	-0.0555	-0.057	0.093	-0.1662	-0.2879	0.1478	0.0167	-0.0032	0.1766	-0.0075	0.1262	4.0434	-38.9106	-2.3511
8	7.4635	6.3869	5.3328	9.1323	5.4067	6.0007	-0.2127	0.0922	-0.1117	-0.2857	0.157	-0.0873	-0.291	0.2489	0.0557	0.1174	-0.0358	0.0338	0.1881	-0.0255	0.1109	19.8188	-29.5714	-1.6696
9	6.481	3.2241	-4.4646	8.0506	-2.1797	13.8261	-0.3694	1.2193	-0.0337	-0.4184	0.7682	0.6336	0.0659	-0.7834	-0.3989	0.1366	0.1241	-0.042	0.4619	-0.0372	0.2327	-17.9772	-34.2606	4.0872
10	14.1233	-1.5441	6.5689	0.7118	0.2625	7.1491	0.0821	-0.2918	0.5955	-0.0776	0.0433	-0.1074	-0.6295	0.0133	-0.1253	0.1721	0.0053	0.0724	0.1739	-0.0167	0.2043	-8.2921	-27.5924	17.2043
11	8.1989	-0.5361	1.3418	1.5504	-0.3565	2.3293	0.2562	0.397	-0.2204	-0.1446	-0.0596	0.0168	-0.0519	-0.064	-0.1966	0.0931	0.0414	0.0273	0.2202	0.009	0.1162	-10.6309	-33.6372	12.3072
12	7.4843	-0.1194	-0.1614	0.7727	-0.3559	1.7894	0.1095	0.2089	-0.1523	-0.099	0.0238	-0.0333	-0.3107	-0.0838	-0.1333	0.1434	0.019	0.0351	0.1822	-0.0129	0.1231	-7.1508	-33.2354	14.626
13	9.3657	-3.1241	9.5133	-3.089	-2.5981	34.055	-0.1189	0.6316	0.234	-0.0348	-0.0562	0.058	-1.3711	1.6222	0.1751	0.7108	-0.2364	0.0446	0.4872	-0.0837	0.6026	3.3042	-21.9755	14.4291
14	3.446	4.6729	-3.489	5.7947	-4.7498	13.4703	0.1149	-0.0402	-0.4076	0.1194	0.0021	-0.495	0.0548	0.5927	-0.117	0.0847	-0.0423	-0.0084	0.2492	-0.0307	0.277	8.78	-35.7762	16.2318
15	8.1299	-3.5686	1.995	3.6285	-1.1497	2.2184	-0.0343	-0.2153	-0.5696	0.0372	0.1313	0.3436	-0.2311	-0.1891	-0.097	0.1516	0.0048	0.0129	0.203	-0.0223	0.1176	-12.9515	-33.1387	15.9386
16	8.7324	-6.1009	1.004	9.7801	-1.4538	3.9249	-0.18	-0.1327	-0.1664	0.298	-0.0153	0.0012	-0.0797	-0.2862	0.1953	0.1339	0.0169	0.0187	0.1899	-0.001	0.0828	-14.2621	-32.5885	19.6654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	36 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	42 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	60 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	90 - 99
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	100 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	11 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	22 - 40
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	41 - 59
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	60 - 74
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	75 - 82
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	83 - 91
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	92 - 106
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	107 - 120

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)