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- PDB-3nwn: Crystal structure of the human KIF9 motor domain in complex with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwn
タイトルCrystal structure of the human KIF9 motor domain in complex with ADP
要素Kinesin-like protein KIF9
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / kinesin / motor domain / ADP / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle disassembly / regulation of flagellated sperm motility / regulation of podosome assembly / Kinesins / kinesin complex / podosome / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / extracellular matrix disassembly ...organelle disassembly / regulation of flagellated sperm motility / regulation of podosome assembly / Kinesins / kinesin complex / podosome / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / extracellular matrix disassembly / sperm flagellum / vesicle / microtubule binding / microtubule / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF9 domain / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. ...: / Kinesin-like protein KIF9 domain / Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhu, H. / Tempel, W. / He, H. / Shen, Y. / Wang, J. / Brothers, G. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. ...Zhu, H. / Tempel, W. / He, H. / Shen, Y. / Wang, J. / Brothers, G. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the human KIF9 motor domain in complex with ADP
著者: Zhu, H. / Tempel, W. / He, H. / Shen, Y. / Wang, J. / Brothers, G. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年7月21日ID: 2NR8
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,78912
ポリマ－40,3021
非ポリマー48711
水1,53185
1
A: Kinesin-like protein KIF9
ヘテロ分子

A: Kinesin-like protein KIF9
ヘテロ分子

A: Kinesin-like protein KIF9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,36636
ポリマ－120,9053
非ポリマー1,46133
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area39830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.443, 90.443, 76.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細THE BIOLOGICAL UNIT OF THE PROTEIN IS NOT KNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF9


分子量: 40301.809 Da / 分子数: 1 / 断片: motor domain (UNP residues 1-340) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9HAQ2

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非ポリマー , 5種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M TRIS, pH 8.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54178 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 46976 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.875 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
2-2.0799.55.20.41147451.101
2.07-2.1599.85.20.32147331.182
2.15-2.2599.75.10.22346791.711
2.25-2.3799.75.10.20647611.679
2.37-2.5299.95.30.13347451.423
2.52-2.7199.95.30.09346831.595
2.71-2.991005.40.06947231.842
2.99-3.421005.30.0547672.486
3.42-4.3192.54.80.04343862.982
4.31-3099.95.40.0447542.873

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.6 Å
Translation2.5 Å29.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1GOJ

1goj


解像度: 2→29.173 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.214 / SU B: 5.89 / SU ML: 0.161 / ESU R Free: 0.196
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/WARP,MOLPROBITY,COOT were also used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1145 5.004 %random
Rwork0.2238 ---
all0.226 ---
obs-22881 95.072 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 28.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.349 Å2-0.175 Å20 Å2
2---0.349 Å20 Å2
3---0.524 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 37 85 2522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021647
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9673393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.434042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.36524.444108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77115438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1251511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.21584
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.21319
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0580.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2080.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8121720
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.592630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.67932490
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65921058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5143899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0520.329710.2916730.291175099.657
2.052-2.1080.3221000.24716290.252173499.712
2.108-2.1680.311950.2815600.282166999.161
2.168-2.2350.528600.36211480.37162274.476
2.235-2.3080.472760.37611780.381158579.117
2.308-2.3880.298800.26913910.27152196.713
2.388-2.4780.253710.26413610.264145398.555
2.478-2.5780.417760.25213340.26143598.258
2.578-2.6920.302750.2412610.243136398.019
2.692-2.8220.266700.23212140.233130498.466
2.822-2.9730.233420.23311550.233122997.396
2.973-3.1510.275520.23110980.232117797.706
3.151-3.3660.273490.20710360.211111996.962
3.366-3.6320.261520.1978570.201103188.167
3.632-3.9720.229400.1918700.19394696.195
3.972-4.4310.184490.1648050.16586698.614
4.431-5.0970.21350.1667370.16877799.356
5.097-6.1950.283240.2066260.208650100
6.195-8.570.171160.2215000.21951899.614
8.57-29.1730.314120.1933030.19731899.057

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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