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- PDB-3nwl: The crystal structure of the P212121 form of bovine liver catalas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nwl
タイトルThe crystal structure of the P212121 form of bovine liver catalase previously characterized by electron microscopy
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxioreductase / NADPH / HEME b
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. ...Hemocyanin, N-terminal domain - #60 / Cytochrome C Oxidase; Chain J - #20 / Catalase, clade 3 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Hemocyanin, N-terminal domain / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Up-down Bundle / Beta Barrel / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2011
タイトル: Polymer-Induced Heteronucleation for Protein Single Crystal Growth: Structural Elucidation of Bovine Liver Catalase and Concanavalin A Forms
著者: Foroughi, L.M. / Kang, Y.N. / Matzger, A.J.
履歴
登録2010年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,45212
ポリマ－240,0054
非ポリマー5,4488
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53810 Å2
ΔGint-300 kcal/mol
Surface area61160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.652, 173.744, 186.325
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 501
2111B1 - 501
3111C1 - 501
4111D1 - 501

-
要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 60001.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 273 K
手法: sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation
pH: 6.8
詳細: 0.05 M sodium phosphate pH 6.8, 12% PEG 4000, sitting drop vapor diffusion using polymer-induced heteronucleation, temperature 273K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 60233 / Num. obs: 60233 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.73
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 3.95 / Num. unique all: 2672 / % possible all: 86.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4blc

4blc


解像度: 2.69→39.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 27.221 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.36 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 3041 5.1 %RANDOM
Rwork0.20347 ---
all0.20548 57155 --
obs0.20539 57155 96.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.693 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→39.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16068 0 364 121 16553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02216964
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4421.98523132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24551992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60923.665884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.893152596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.75915124
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.22328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02113508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4231.59992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.855216160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3736972
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X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 4018 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Atight positional0.190.05
Btight positional0.180.05
Ctight positional0.180.05
Dtight positional0.20.05
Atight thermal0.320.5
Btight thermal0.240.5
Ctight thermal0.250.5
Dtight thermal0.240.5
LS精密化 シェル解像度: 2.692→2.762 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 226 -
Rwork0.3 3573 -
obs-3573 83.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.34022.21480.34995.72494.09946.8935-0.2306-0.0467-0.07520.6001-0.08060.60170.5439-0.36340.31110.2504-0.02490.09820.33710.00550.200652.51152.847157.286
20.17260.0010.0190.73030.21760.2869-0.01330.00780.04230.04010.0244-0.07320.0328-0.0416-0.01110.1441-0.0152-0.00250.27450.01560.124959.10180.355149.142
34.18842.80640.1632.4870.91571.55270.3185-0.5837-0.6180.2547-0.031-0.5819-0.0544-0.0072-0.28760.2069-0.0222-0.12320.33590.04480.184963.44176.745166.765
40.49390.07480.08240.63970.02020.4137-0.028-0.05030.092-0.03050.05510.06030.0081-0.0009-0.02710.13980.0151-0.00420.2564-0.00580.131650.59886.052147.61
51.88440.16320.08451.35461.92372.1843-0.06420.06440.0399-0.1312-0.0980.1465-0.1484-0.18210.16220.21640.0026-0.0250.29010.09440.159241.76288.546127.427
60.73070.1620.31150.85240.27092.0326-0.0551-0.16810.0990.16780.0664-0.1318-0.2091-0.0113-0.01130.1799-0.0105-0.05410.2454-0.02140.184771.398101.223162.378
712.76690.98953.8571-0.91595.74915.6927-0.1493-0.89082.12430.68080.3769-0.36191.13170.2792-0.22760.62170.1623-0.86060.1173-0.25151.380783.39395.915170.225
80.0245-0.2116-0.16280.4680.51741.24190.0246-0.00890.0395-0.14780.0872-0.2148-0.11920.1812-0.11180.2474-0.03290.18090.3026-0.03210.363283.69359.903109.441
90.3057-0.00330.09560.4427-0.12580.1255-0.07680.03480.0419-0.21350.0291-0.11250.00510.00270.04770.278-0.03930.04040.2643-0.0110.132465.19592.033112.249
101.31790.22290.6971.0172-0.11691.2472-0.14560.03940.1413-0.36750.03720.0561-0.1305-0.13530.10840.2809-0.0522-0.05730.25740.02230.078844.43397.74105.516
116.5793-5.31580.25193.6977-0.62130.63780.1694-0.1965-0.7915-0.316-0.09820.66140.4036-0.0942-0.07110.2444-0.1218-0.0590.6571-0.04110.306231.84275.012115.099
120.2935-0.0118-0.02381.03680.4160.2527-0.0213-0.04230.0188-0.11740.04150.08460.0234-0.0901-0.02020.2139-0.0544-0.03170.3178-0.00750.116848.83168.475122.716
130.43360.18910.10840.77040.10150.39610.00580.02120.0558-0.25490.0471-0.04110.0893-0.0452-0.05290.3204-0.0350.03130.239-0.01040.107659.93754.778105.779
140.03970.03620.06950.3676-0.23840.2608-0.0268-0.0283-0.0094-0.16440.0585-0.01340.1099-0.0789-0.03170.2782-0.05720.00280.2653-0.02310.135455.70950.306118.285
15-0.3271-0.3741-0.002715.1242.24930.1306-0.02290.0431-0.0558-0.33970.01190.85010.00390.04740.0110.1419-0.0129-0.04190.3080.0030.281857.23954.185147.094
160.73810.4185-0.120.9389-0.82561.9528-0.02030.1561-0.1363-0.2040.0288-0.2260.11130.0143-0.00850.39050.05360.0920.2236-0.05410.120170.03847.91397.817
177.0463-2.6534.700611.3925-5.59313.2277-0.76960.70270.60890.29110.0356-1.0662-0.37120.27660.73410.1173-0.1014-0.01260.2899-0.07290.664691.22592.878145.915
180.0716-0.0326-0.0031.0637-0.05010.2734-0.0609-0.01020.0027-0.02680.0779-0.21590.03250.0264-0.01710.1282-0.00880.00180.2544-0.01530.246781.14465.329142.675
190.80410.4561-0.07081.266-0.04130.4418-0.0262-0.0972-0.0940.05590.0332-0.34540.060.1026-0.00710.10540.0233-0.00990.264-0.00690.304692.37158.237149.135
200.93090.68790.42080.70070.39460.2535-0.0467-0.0069-0.1055-0.16030.0391-0.1931-0.03150.06330.00760.2126-0.00660.07550.2479-0.02520.241881.96264.258130.462
211.6155-1.59220.3582.0488-1.8712.22250.0081-0.11440.402-0.25890.1197-0.33770.32460.0014-0.12780.2227-0.04660.07110.2251-0.13180.488783.93857.406114.963
220.9749-0.2664-0.21940.7387-0.77871.92940.0489-0.20110.01010.18030.0258-0.1660.2682-0.0225-0.07460.3378-0.0347-0.1350.22620.03360.262277.00845.115162.643
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2A25 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3A236 - 262
4X-RAY DIFFRACTION4A263 - 390
5X-RAY DIFFRACTION5A391 - 427
6X-RAY DIFFRACTION6A428 - 490
7X-RAY DIFFRACTION7A491 - 501
8X-RAY DIFFRACTION8B3 - 53
9X-RAY DIFFRACTION9B54 - 411
10X-RAY DIFFRACTION10B412 - 501
11X-RAY DIFFRACTION11C3 - 24
12X-RAY DIFFRACTION12C25 - 113
13X-RAY DIFFRACTION13C114 - 262
14X-RAY DIFFRACTION14C263 - 391
15X-RAY DIFFRACTION15C392 - 411
16X-RAY DIFFRACTION16C412 - 501
17X-RAY DIFFRACTION17D3 - 24
18X-RAY DIFFRACTION18D25 - 233
19X-RAY DIFFRACTION19D234 - 320
20X-RAY DIFFRACTION20D321 - 389
21X-RAY DIFFRACTION21D390 - 427
22X-RAY DIFFRACTION22D428 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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