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- PDB-3nvd: Structure of YBBD in complex with pugnac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nvd
タイトルStructure of YBBD in complex with pugnac
要素Uncharacterized lipoprotein ybbD
キーワードHYDROLASE / BETA-N-HEXOSAMINIDASE / BACILLUS SUBTILIS / TIM BARREL / GLYCOSIDASE / LIPOPROTEIN / MEMBRANE / PALMITATE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / carbohydrate metabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily ...: / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-OAN / Beta-hexosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.836 Å
データ登録者Diederichs, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and kinetic analysis of Bacillus subtilis N-acetylglucosaminidase reveals a unique Asp-His dyad mechanism
著者: Litzinger, S. / Fischer, S. / Polzer, P. / Diederichs, K. / Welte, W. / Mayer, C.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年8月4日ID: 3CQM
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized lipoprotein ybbD
B: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,53211
ポリマ－141,3492
非ポリマー1,1839
水27,5091527
1
A: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3636
ポリマ－70,6741
非ポリマー6895
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized lipoprotein ybbD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1695
ポリマ－70,6741
非ポリマー4944
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.473, 73.206, 83.788
Angle α, β, γ (deg.)79.83, 69.45, 88.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized lipoprotein ybbD / ORF1


分子量: 70674.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: WT168 / 遺伝子: ybbD / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40406, beta-N-acetylhexosaminidase

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非ポリマー , 5種, 1536分子

#2: 化合物 ChemComp-OAN / O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE / PUGNAc / PUGNAc


分子量: 353.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19N3O7 / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M SODIUM ACETATE, 27% PEG 1000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9792
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年10月27日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.836→48.549 Å / Num. obs: 104555 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.985 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 7.55
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.977 / Num. unique all: 16575 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BMX

3bmx


解像度: 1.836→48.549 Å / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 5644 5.4 %
Rwork0.1871 --
obs0.1908 104555 93.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.973 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4641 Å20.5494 Å22.5924 Å2
2--0.6775 Å2-5.372 Å2
3----2.1416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.836→48.549 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9526 0 79 1527 11132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0179776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61113193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3453770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081710
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.837-1.86870.31512460.275467183
1.8687-1.90270.3092520.2555495189
1.9027-1.93930.30482310.2461504991
1.9393-1.97880.29332690.2454494389
1.9788-2.02180.31792770.2281505290
2.0218-2.06890.2932650.2235499990
2.0689-2.12060.30112700.2167503190
2.1206-2.17790.2482530.2111506891
2.1779-2.2420.27552720.2077501990
2.242-2.31430.28872630.203501690
2.3143-2.3970.25622720.202497189
2.397-2.49290.24292880.2006501889
2.4929-2.60630.2282740.1942499290
2.6063-2.74360.26372730.1901493389
2.7436-2.91530.24442650.1755497889
2.9153-3.14020.24962420.1751487688
3.1402-3.45570.22152470.1673488487
3.4557-3.95460.21562410.1477487587
3.9546-4.97810.21172450.1403492188
4.9781-28.59890.20852900.1826504690
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12110.0069-0.03060.1872-0.00580.15170.0063-0.0119-0.01630.0038-0.0098-0.0153-0.00940.00270.00020.0037-0.0087-0.00640.01950.01110.004867.820757.86685.6825
20.0447-0.0691-0.09980.25920.12690.2269-0.0060.03120.00670.0126-0.0136-0.02030.0071-0.00090.0072-0.0071-0.0226-0.00110.03210.00590.006637.342443.588148.9911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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