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- PDB-3nv0: Crystal structure and mutational analysis of the NXF2/NXT1 hetero... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nv0
タイトルCrystal structure and mutational analysis of the NXF2/NXT1 heterodimeric complex from caenorhabditis elegans at 1.84 A resolution
要素
  • NTF2-related export protein
  • Nuclear RNA export factor 2
キーワードRNA binding/Protein transport / NTF2-LIKE DOMAIN / BETA SHEET HETERODIMER INTERFACE / NUCLEOPORIN BINDING POCKET / WATER MEDIATED INTERFACE / CATION-PI INTERACTIONS / PI-PI INTERACTIONS / NXF-LOOP / NTF2-PLUG / INTRAMONOMER BURIED WATERS / NOVEL SURFACE EXPOSED POCKETS / MRNA TRANSPORT / NUCLEUS / RNA-BINDING / RNA binding-Protein transport complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore central transport channel / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mRNA transport / protein import into nucleus / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nuclear RNA export factor / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NTF2-related export protein / Nuclear RNA export factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Kerkow, D.E. / Carmel, A.B. / Williamson, J.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: The structure of the NXF2/NXT1 heterodimeric complex reveals the combined specificity and versatility of the NTF2-like fold.
著者: Kerkow, D.E. / Carmel, A.B. / Menichelli, E. / Ambrus, G. / Hills, R.D. / Gerace, L. / Williamson, J.R.
履歴
登録2010年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear RNA export factor 2
B: NTF2-related export protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,99728
ポリマ－40,8902
非ポリマー1,10826
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.004, 49.547, 148.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Nuclear RNA export factor 2


分子量: 23529.496 Da / 分子数: 1 / 断片: NTF2-LIKE DOMAIN (UNP RESIDUES 218-421) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: C15H11.6, nxf-2 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q9XVS8
#2: タンパク質 NTF2-related export protein


分子量: 17360.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: nxt-1, nxt1, Y71F9AM.5 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3) / 参照: UniProt: Q9U757

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非ポリマー , 5種, 318分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, HEPES PH 7.0, NACL, KCL, BME (2-MERCAPTOETHANOL), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH - SAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 27423 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.84→1.87 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AutoSol(PHENIX.AUTOSOL)位相決定
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.84→47.01 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: THE CLOSE CONTACTS ARE AT SURFACE AND ARE LIKELY DUE TO CRYSTAL PACKING. ALA 290 AND ARG 368 ARE IN GOOD DENSITY AND PART OF WELL-RESOLVED IRREGULAR LOOPS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 1381 5.05 %
Rwork0.166 --
obs0.167 27364 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.42 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.448 Å20 Å2-0 Å2
2--1.415 Å20 Å2
3----0.966 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→47.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2660 0 62 292 3014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0232862
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5853880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5321089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.124426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008503
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.9080.2591220.1932480X-RAY DIFFRACTION95
1.908-1.9840.2491410.1792501X-RAY DIFFRACTION98
1.984-2.0750.2031230.1642537X-RAY DIFFRACTION98
2.075-2.1840.1921150.1572587X-RAY DIFFRACTION99
2.184-2.3210.211440.1552592X-RAY DIFFRACTION99
2.321-2.50.1951590.1682583X-RAY DIFFRACTION99
2.5-2.7520.21630.1652575X-RAY DIFFRACTION100
2.752-3.150.1661170.1642650X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.9680.151460.1422668X-RAY DIFFRACTION100
3.968-47.0210.1731510.1672810X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70310.0622-0.11211.04690.12541.23880.0040.09920.05960.0177-0.00290.074-0.14310.0106-0.00730.03710.00830.00820.03920.01850.063935.394239.812552.1099
20.56380.11660.04960.6715-0.26470.64050.0310.018-0.15310.1044-0.00640.03170.1261-0.004-0.02450.09890.00540.01190.0555-0.00170.117835.387721.926860.4782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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