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- PDB-3nua: Crystal Structure of Phosphoribosylaminoimidazole-Succinocarboxam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nua
タイトルCrystal Structure of Phosphoribosylaminoimidazole-Succinocarboxamide Synthase from Clostridium perfringens
要素Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
キーワードLIGASE / alpha-beta structure / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / cobalamin biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial and archaeal 5-aminoimidazole-4-(N-succinylcarboxamide) ribonucleotide synthase / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Bacterial and archaeal 5-aminoimidazole-4-(N-succinylcarboxamide) ribonucleotide synthase / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / CITRIC ACID / Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Phosphoribosylaminoimidazole-Succinocarboxamide Synthase from Clostridium perfringens
著者: Kim, Y. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
B: Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7319
ポリマ－54,6262
非ポリマー2,1057
水12,809711
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.877, 148.913, 45.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-805-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase


分子量: 27313.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_0673, purC / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic
参照: UniProt: Q0TTB4, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase

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非ポリマー , 5種, 718分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Na Citrate pH 5.6, 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 120549 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 14.18 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.841 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2YWV

2ywv


解像度: 1.4→38.21 Å / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.161 5435 5.01 %
Rwork0.143 --
obs0.144 108444 99.86 %
all-120448 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.122 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.0103 Å2-0 Å20 Å2
2---2.7451 Å2-0 Å2
3---5.7554 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 136 711 4657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124418
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2881746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007791
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.450.21825220.197810181X-RAY DIFFRACTION100
1.45-1.50810.18515200.15110163X-RAY DIFFRACTION100
1.5081-1.57670.15355290.121710200X-RAY DIFFRACTION100
1.5767-1.65990.14715740.108210177X-RAY DIFFRACTION100
1.6599-1.76390.1475350.110410249X-RAY DIFFRACTION100
1.7639-1.90010.12755420.111610263X-RAY DIFFRACTION100
1.9001-2.09130.14525320.131810310X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.39380.14645400.136810349X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-3.01580.17165610.158210410X-RAY DIFFRACTION100
3.0158-38.22330.17165800.156610707X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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