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- PDB-3nsw: Crystal Structure of Ancylostoma ceylanicum Excretory-Secretory P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nsw
タイトルCrystal Structure of Ancylostoma ceylanicum Excretory-Secretory Protein 2
要素Excretory-secretory protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ancylostoma ceylanicum / hookworm / excretory-secretory protein / merohedral twinning / immunomodulator / netrin domain
機能・相同性OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #780 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / Excretory-secretory protein 2
機能・相同性情報
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kucera, K. / Modis, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Ancylostoma ceylanicum Excretory-Secretory Protein 2 Adopts a Netrin-Like Fold and Defines a Novel Family of Nematode Proteins.
著者: Kucera, K. / Harrison, L.M. / Cappello, M. / Modis, Y.
履歴
登録2010年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excretory-secretory protein 2
B: Excretory-secretory protein 2
C: Excretory-secretory protein 2
D: Excretory-secretory protein 2
E: Excretory-secretory protein 2
F: Excretory-secretory protein 2
G: Excretory-secretory protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9419
ポリマ－84,5857
非ポリマー3562
水16,718928
1
A: Excretory-secretory protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2022
ポリマ－12,0841
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Excretory-secretory protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3222
ポリマ－12,0841
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Excretory-secretory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0841
ポリマ－12,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Excretory-secretory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0841
ポリマ－12,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Excretory-secretory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0841
ポリマ－12,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Excretory-secretory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0841
ポリマ－12,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Excretory-secretory protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0841
ポリマ－12,0841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.212, 52.212, 345.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Excretory-secretory protein 2


分子量: 12083.514 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expressed with an N-terminal 6x histidine tag and thrombin cleavage sequence. Thrombin cleavage prior to crystallization left non-native Gly-Ser-His in the crystallization construct.
由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
遺伝子: ES-2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami2(DE3) / 参照: UniProt: Q6R7N7
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 928 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1 M 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid (HEPES), 60% (4S)-2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月28日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.768
11-H, K, -L20.232
反射解像度: 1.75→36.91 Å / Num. obs: 79362 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 18.498
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.354 / Mean I/σ(I) obs: 2.326 / Num. unique all: 3110 / % possible all: 52.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: STARTING MODEL: THE STRUCTURE OF ACEES-2 WAS SOLVED USING A LEAD (PBNO3) SOAKED CRYSTAL AND SAD METHODS AT 2.0 ANGSTROM RESOLUTION

解像度: 1.75→36.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.981 / SU ML: 0.042 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Used amplitude-based twin refinement with twin operator: H, K, L fraction = 0.759 and -H, K, -L fraction = 0.241.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17466 4180 5 %RANDOM
Rwork0.1463 ---
obs0.14773 79362 90.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.05 Å20 Å2-0 Å2
2--7.05 Å20 Å2
3----14.11 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.02 Å0.021 Å
Luzzati sigma a-0.042 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5815 0 23 928 6766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1221.9648410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2025777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63325.185297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.779151101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.4611529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.392103727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.2206052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.973252450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.853302333
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 159 -
Rwork0.319 3110 -
obs-3110 47.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1244-1.10810.87253.102-0.9313.0204-0.11170.0566-0.00770.17060.11640.0845-0.1358-0.0452-0.00470.06450.04590.01690.04340.01590.0964-3.41711.322-13.457
21.6125-0.3479-0.68342.62520.84722.6876-0.0328-0.0036-0.0449-0.03040.02930.1126-0.0622-0.13750.00350.05180.03990.0170.03760.02680.123214.215-9.336-24.628
31.4411-0.57920.22432.1998-0.58923.1108-0.01920.13460.0926-0.164-0.1351-0.02030.06340.08070.15420.10830.02850.00230.0631-0.00020.064811.63822.03719.444
41.6735-0.4553-0.32852.21270.04463.2484-0.1107-0.2166-0.06180.11740.07970.0013-0.1165-0.10960.0310.08640.0640.03610.06160.0330.096628.08724.374-4.864
51.79160.42081.20193.23811.21563.41640.0738-0.1278-0.08780.0415-0.07320.08890.1517-0.1894-0.00060.12740.0133-0.01240.0240.02860.1203-6.343-8.7238.802
61.38190.2694-0.10221.964-0.17562.0879-0.10060.0226-0.03290.06540.02750.07330.07520.07260.07310.04670.02350.02720.04360.00890.082931.49111.114-36.53
75.35980.39472.32281.6269-0.84311.9573-0.13280.8196-0.1001-0.180.1029-0.11160.10220.00880.02990.2286-0.0560.02670.462-0.06570.31138.286-27.886-50.283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3C-3 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4D-3 - 102
5X-RAY DIFFRACTION5E-3 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6F-3 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7G-3 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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