PDB-3nrs: Crystal structure of ligand-free bifunctional folylpolyglutamate ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nrs

タイトル

Crystal structure of ligand-free bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase from yersinia pestis c092

要素

Dihydrofolate:folylpolyglutamate synthetase

キーワード

LIGASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TETRAHYDROFOLATE SYNTHASE

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrofolate synthase activity / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Makowska-grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of ligand-free bifunctional folylpolyglutamate synthase/dihydrofolate synthase from yersinia pestis c092
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Makowska-grzyska, M. / Papazisi, L. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nrs.cif.gz	182.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nrs.ent.gz	144.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3nrs_full_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示
XML形式データ	3nrs_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	3nrs_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/3nrs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/3nrs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n2aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4izo-d 1gey-d 5iqd-1 3n2a-d 5iqh-1 3hgk-2 1gew-d 5z4c-d 6c5u-2 7cys-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp90784

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate:folylpolyglutamate synthetase

ヘテロ分子

48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.628, 83.275, 126.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dihydrofolate:folylpolyglutamate synthetase / Putative FolC bifunctional protein 分子量: 47550.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: folC, YP_2395, y1602 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8D0U0
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES, 1.0 M Na/K Tartrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40 Å / Num. all: 64300 / Num. obs: 63699 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 41.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N2A

3n2a

解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.043 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19222	3112	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17257	-	-	-
all	0.18	61500	-	-
obs	0.1736	58317	98.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.006 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3051	0	60	312	3423

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3170
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.485	1.971	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.055	3	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.402	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.815	23.796	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.093	15	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.821	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.049	1.5	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.319	1.5	817
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.853	2	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.823	3	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.575	4.5	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	220	-
R_work	0.262	4246	-
obs	-	-	98.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8132	0.6265	2.1416	2.633	0.0369	9.01	-0.6858	-0.2591	-0.0456	-0.4255	0.1225	0.6212	-1.194	-0.6396	0.5632	0.2986	0.1745	-0.0794	0.0056	0.0535	0.1612	-13.3838	34.7508	8.0677
2	-0.0664	0.1506	0.1557	0.5378	-0.0017	1.4241	0.0071	-0.008	0.0206	-0.0092	0.0702	-0.0065	0.0714	-0.1626	-0.0773	0.168	-0.0047	0.0103	0.1838	0.0152	0.166	-4.6367	17.1913	19.3403
3	1.132	0.7261	0.3842	0.7233	0.7666	1.8538	-0.0013	0.0392	0.033	-0.0661	0.0195	-0.0138	0.0019	-0.0095	-0.0182	0.1616	0.0091	-0.001	0.2007	0.0261	0.1484	-1.4679	22.3396	7.3106
4	-0.2773	-1.8272	-0.6965	2.2087	1.1019	4.7706	-0.136	0.0148	-0.1597	-0.1827	0.2646	-0.0081	-0.6545	-0.3857	-0.1286	0.264	0.077	-0.0978	0.2088	0.0948	0.1434	-14.471	32.0964	4.0192
5	-0.1298	-0.0296	0.0166	1.5777	0.6738	2.3533	-0.0057	-0.032	0.0223	-0.0406	0.0433	0.1357	-0.2263	-0.3592	-0.0375	0.1353	0.0575	0.0118	0.2107	0.0281	0.1748	-10.666	27.884	15.7864
6	0.1112	0.4131	-0.1191	1.2418	0.1771	0.7836	0.0511	-0.0255	-0.0029	0.1886	0.009	-0.0063	-0.0751	-0.0604	-0.0601	0.1986	0.0282	0.0399	0.1723	-0.0128	0.1329	-1.3304	30.011	32.6894
7	-1.9655	-1.3896	0.4034	2.4752	2.0133	3.717	0.252	-0.1493	0.4535	1.3984	-0.1967	-0.4456	0.2809	-0.3039	-0.0553	0.7158	-0.0636	-0.0114	-0.0234	-0.0158	0.0403	-5.3499	21.3779	38.7486
8	2.8217	-1.7688	-1.157	4.6651	0.3931	5.6337	0.1189	-0.2027	-0.0422	0.2697	-0.0936	-0.1625	0.382	0.436	-0.0253	0.2251	0.0283	-0.0531	0.1667	0.051	0.141	6.335	8.5039	33.2519
9	0.2318	0.7837	-0.3129	1.7269	-0.0448	0.9689	0.0855	-0.0521	0.0287	0.2152	-0.0427	-0.1256	0.2114	0.0596	-0.0428	0.2197	0.003	0.0005	0.1683	0.0208	0.1453	1.6074	9.7134	29.4924
10	1.6986	1.426	-0.955	1.1201	-0.9791	1.1684	0.0079	-0.0276	0.0282	-0.0819	-0.006	-0.0105	0.2305	0.0877	-0.002	0.2052	0.0145	0.0464	0.1481	0.0053	0.168	8.2151	11.9425	17.0019
11	2.8393	-2.565	-0.1546	1.963	0.1483	1.8135	0.0214	-0.1736	-0.1377	-0.0278	0.0738	0.1442	0.1502	0.3346	-0.0952	0.1686	0.0087	0.0167	0.2606	0.0035	0.16	17.5936	22.5172	24.2252
12	1.1683	-0.5534	-0.8434	0.66	0.5225	2.2433	0.1005	-0.15	0.0886	-0.0302	0.0141	-0.1823	-0.2696	0.2875	-0.1146	0.1022	-0.0498	0.0498	0.2033	-0.0193	0.2154	21.6012	32.1751	17.9184
13	-1.6262	3.8928	-0.4343	-2.0838	4.6823	4.6197	0.538	-0.4571	0.3723	-0.3964	-0.2611	-0.0958	-1.073	0.0687	-0.2769	0.337	-0.2029	0.2328	0.0895	-0.1268	0.2387	21.0628	40.6495	16.958
14	0.4448	-0.4158	-0.6516	1.9716	0.0561	1.2858	0.0505	-0.0759	0.0529	-0.1712	0.0502	-0.1642	-0.0203	0.2804	-0.1006	0.1041	-0.008	0.0884	0.2217	-0.007	0.2111	26.6804	27.2555	8.3509
15	2.0237	0.5187	-1.3717	1.7007	1.0824	3.9099	-0.1089	0.1985	0.0098	-0.1246	0.0119	-0.0164	-0.0956	-0.1592	0.097	0.1387	-0.0115	0.0666	0.2043	0.0062	0.1795	13.3539	26.8286	7.0904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	48 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	102 - 119
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	120 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	160 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	214 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	227 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	252 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	281 - 315
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	316 - 333
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	342 - 378
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	379 - 391
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	392 - 418
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	419 - 434

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)