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- PDB-3nr7: Crystal structure of S. typhimurium H-NS 1-83 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nr7
タイトルCrystal structure of S. typhimurium H-NS 1-83
要素DNA-binding protein H-NS
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Dimer / oligomerisation / DNA condensation
機能・相同性
機能・相同性情報


bent DNA binding / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription ...bent DNA binding / nucleoid / DNA-binding transcription repressor activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Helix Hairpins ...H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding protein H-NS
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Arold, S.T. / Leonard, P.G. / Parkinson, G.N. / Ladbury, J.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: H-NS forms a superhelical protein scaffold for DNA condensation.
著者: Arold, S.T. / Leonard, P.G. / Parkinson, G.N. / Ladbury, J.E.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein H-NS
B: DNA-binding protein H-NS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5922
ポリマ－19,5922
非ポリマー00
水00
1
A: DNA-binding protein H-NS

B: DNA-binding protein H-NS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5922
ポリマ－19,5922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_654y+1,-x+y,z-5/61
Buried area1700 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area12750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.397, 130.397, 55.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細THE ASSEMBLY OF THE STRUCTURE IS A PSEUDO REPEAT OF THE DIMER DESCRIBED IN REMARK 350

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein H-NS / Histone-like protein HLP-II / Protein H1 / Protein B1


分子量: 9796.049 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-83 / 変異: C21S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: H-NS, hns, hnsA, osmZ, STM1751 / プラスミド: pet14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P0A1S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: microdialysis / pH: 6.2
詳細: 20 % (v/v) MPD, 20 mM phenol, 100 mM MES, pH 6.2, MICRODIALYSIS, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月17日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→32.6 Å / Num. all: 5676 / Num. obs: 5676 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 150 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 3.7→3.83 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 583 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OV9

1ov9


解像度: 3.7→32.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 119.068 / SU ML: 0.748 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.578 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30375 427 7.5 %RANDOM
Rwork0.27107 ---
all0.27366 5676 --
obs0.27366 5676 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 189.256 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å22.62 Å2-0 Å2
2--5.23 Å2-0 Å2
3----7.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→32.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1288 0 0 0 1288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5511.9971732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9535160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.59225.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.1315266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3771.5808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73321292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9843482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.854.5440
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.701→3.901 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 58 -
Rwork0.413 740 -
obs--94.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8763-2.473310.653221.7359-10.561816.91430.02471.64842.10552.69180.6817-2.3914-2.668-0.2107-0.70641.40690.07590.94361.09120.55632.235164.456-22.1236.507
220.1108-4.407520.976817.0818-6.980826.613-0.8504-0.55211.5358-2.20250.26560.7736-2.4228-1.03720.58481.41090.04060.43130.5492-0.02711.076864.614-24.833-7.95
317.7987-4.2743-12.16689.0261-3.00637.21981.01030.5069-2.2873-0.83120.77771.48370.999-2.3182-1.7880.4088-0.49760.11240.5763-0.24571.147763.454-34.214-2.971
461.71931.60280.502718.8686-1.852652.25271.2783-2.3757-1.3582.1402-0.431-2.1995-0.16972.654-0.84730.35010.1583-0.08130.38590.16560.777868.008-32.1125.005
591.1819-0.0368-8.04039.21580.98493.37763.3312-1.398-0.6907-1.9346-1.7786-0.47071.81190.4551-1.55261.56360.43440.24891.4338-0.77741.496887.274-41.265-11.93
625.19856.0207-7.1256-0.8969-4.350619.84221.22623.01860.40430.95330.33631.0016-0.2606-1.3938-1.56260.89250.00831.05791.48680.22151.907944.992-40.56115.153
7-2.3998-16.729714.692932.2177-7.16412.2084.0199-2.6903-0.1467-0.4507-1.4838-0.2426-1.94650.4412-2.53611.8807-0.1111.43791.8595-0.50982.7685104.885-49.481-14.723
80.391919.6174-2.241319.29766.731-3.82623.15383.3421-1.32971.6461-0.3399-1.73111.3759-0.2132-2.8141.4377-0.29180.44662.98870.45862.036228.471-50.67718.969
9-53.1194-11.9535-40.6838.49644.1272-18.68284.28180.236-0.1528-3.625-0.5495-3.70873.57761.1816-3.73243.9410.4667-0.79813.55470.32763.4045111.072-43.759-24.491
1015.4838-9.55225.62543.4537-9.10230.6258-1.1871-1.5972-1.38081.5281.95880.1447-1.5996-1.808-0.77161.7313-0.18350.35322.13670.22162.837820.19-43.80425.489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 21
3X-RAY DIFFRACTION3A22 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4B22 - 41
5X-RAY DIFFRACTION5A42 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6B42 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7A57 - 69
8X-RAY DIFFRACTION8B57 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9A70 - 83
10X-RAY DIFFRACTION10B70 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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