- PDB-3nqb: Crystal Structure of Adenine Deaminase from Agrobacterium tumefac... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3nqb
タイトル
Crystal Structure of Adenine Deaminase from Agrobacterium tumefaciens (str. C 58)
要素
Adenine deaminase 2
キーワード
HYDROLASE / PSI-II / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Tim-barrel / Amidohydrolase / Nucleotide binding
モノクロメーター: Si(111)channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.205→39.75 Å / Num. all: 56338 / Num. obs: 53436 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CBASS
データ収集
SHARP
位相決定
REFMAC
5.5.0109
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→39.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 5.48 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.23462
2858
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.17216
-
-
-
obs
0.1753
53436
99.35 %
-
all
-
56294
-
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK