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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3npx | ||||||
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タイトル | Optimization of the in silico designed Kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution | ||||||
![]() | deoxyribose phosphate aldolase | ||||||
![]() | LYASE / TIM / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC | ||||||
機能・相同性 | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khersonsky, O. / Rothlisberge, D. / Wollacott, A.M. / Dym, O. / Baker, D. / Tawfik, D.S. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution 著者: Khersonsky, O. / Rothlisberger, D. / Wollacott, A.M. / Murphy, P. / Dym, O. / Albeck, S. / Kiss, G. / Houk, K.N. / Baker, D. / Tawfik, D.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27979.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE WILD TYPE HAS BEEN ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE WILD TYPE HAS BEEN DEPOSITED TO PDB, 3NPU AND 3NPV. THIS SEQUENCE IS ALA 2 INSERTION AND D23G, Y48F, D212E, H251Y MUTANT. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M NaCl, 20% PEG 3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 53457 / Num. obs: 53243 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 19.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 5234 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3NPU 解像度: 1.79→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.196 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.029 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.793→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
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