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- PDB-5eky: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Escheric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eky
タイトルCrystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Escherichia coli (K58E-Y96W mutant)
要素Deoxyribose-phosphate aldolase
キーワードLYASE / DERA / TIM barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / carbohydrate catabolic process / lyase activity / DNA damage response / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deoxyribose-phosphate aldolase type II / Deoxyribose-phosphate aldolase / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-BUTANEDIOL / Deoxyribose-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Classen, T. / Dick, M. / Pietruszka, J. / Weiergraeber, O.H.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Mechanism-based inhibition of an aldolase at high concentrations of its natural substrate acetaldehyde: structural insights and protective strategies.
著者: Dick, M. / Hartmann, R. / Weiergraber, O.H. / Bisterfeld, C. / Classen, T. / Schwarten, M. / Neudecker, P. / Willbold, D. / Pietruszka, J.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年9月12日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _atom_site.occupancy / _citation.journal_id_ISSN ..._atom_site.occupancy / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribose-phosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9493
ポリマ－28,6211
非ポリマー3282
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area410 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.790, 53.360, 37.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.300, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-418-

HOH

21A-579-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase


分子量: 28620.658 Da / 分子数: 1 / 変異: K58E, Y96W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: deoC, dra, thyR, b4381, JW4344 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6L0, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 4000, 2-propanol, HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→47.979 Å / Num. obs: 86053 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 10.36 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.946 / Net I/σ(I): 9.78 / Num. measured all: 228749
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.1-1.130.7750.3992.1715346652962000.49495
1.13-1.160.8410.332.7215029634860720.40995.7
1.16-1.190.8850.2842.9814176617558740.35495.1
1.19-1.230.9190.2533.5415293602158530.31197.2
1.23-1.270.9250.2294.0414826578556290.28197.3
1.27-1.320.9430.1994.5813994561354170.24596.5
1.32-1.360.9540.1735.1513383546353050.21497.1
1.36-1.420.970.1466.4414092518551130.17898.6
1.42-1.480.9770.1237.6313665500349270.1598.5
1.48-1.560.9850.0959.4413006481047170.11698.1
1.56-1.640.9890.07710.711437457744710.09697.7
1.64-1.740.9920.06812.9812194432042810.08299.1
1.74-1.860.9940.05615.7311548405740100.06998.8
1.86-2.010.9960.04718.510607378037190.05898.4
2.01-2.20.9950.04120.569200349734280.05198
2.2-2.460.9960.03922.668563316831270.04898.7
2.46-2.840.9960.03824.858124279927810.04699.4
2.84-3.480.9960.03626.326653237423500.04499
3.48-4.920.9950.03626.74722183818010.04598
4.920.9930.04928.37289110459780.0693.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JCL

1jcl


解像度: 1.1→47.979 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 14.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1436 4303 5 %
Rwork0.1211 81740 -
obs0.1223 86043 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.04 Å2 / Biso mean: 15.3601 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→47.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 27 353 2245
Biso mean--13.73 30.05 -
残基数----249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1872995
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.274842
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.1004-1.11290.29721410.25962675281694
1.1129-1.1260.23421370.22292614275195
1.126-1.13970.23951420.20342695283796
1.1397-1.15420.22791400.19842655279596
1.1542-1.16940.22081400.18352648278895
1.1694-1.18540.21261380.18542636277494
1.1854-1.20230.23021420.17232681282397
1.2023-1.22030.18761430.1612721286497
1.2203-1.23930.15771410.15012685282698
1.2393-1.25970.18731450.14892747289297
1.2597-1.28140.17061420.14222696283897
1.2814-1.30470.16541430.13392721286497
1.3047-1.32980.17761380.13322634277296
1.3298-1.35690.17251440.12392726287097
1.3569-1.38640.15731440.11562747289199
1.3864-1.41870.15691450.10542753289899
1.4187-1.45420.13481460.09862759290599
1.4542-1.49350.13651450.09482764290998
1.4935-1.53740.13191430.08742707285098
1.5374-1.58710.11951440.09142750289498
1.5871-1.64380.12591440.09252733287798
1.6438-1.70960.15511460.09832774292099
1.7096-1.78740.14411460.10272766291299
1.7874-1.88160.12981450.09512768291399
1.8816-1.99950.13921460.12767291398
1.9995-2.15390.12331440.10192734287898
2.1539-2.37070.1361470.11362799294698
2.3707-2.71370.11761480.12342800294899
2.7137-3.41880.12051470.12422798294599
3.4188-48.02420.13431470.1242787293497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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