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- PDB-3npn: Structure of the s-adenosylhomocysteine riboswitch at 3.0A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3npn
タイトルStructure of the s-adenosylhomocysteine riboswitch at 3.0A
要素S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
キーワードRNA / riboswitch / S-adenosyl-homocysteine
機能・相同性S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Ralstonia solanacearum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.792 Å
データ登録者Reyes, F.E. / Edwards, A.E. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2010
タイトル: Structural basis for recognition of S-adenosylhomocysteine by riboswitches.
著者: Edwards, A.L. / Reyes, F.E. / Heroux, A. / Batey, R.T.
履歴
登録2010年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8832
ポリマ－17,4991
非ポリマー3841
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.360, 105.360, 107.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: RNA鎖 S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH


分子量: 17498.516 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Ralstonia solanacearum (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.25 mM Spermine, 9 mM magnesium chloride, 0.9 mM spermidine, 1.8 mM Cobalt(III)hexammine chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 7.0, 5% (v/v) PEG 400, 20 mM iridium (III) hexammine chloride, ...詳細: 2.25 mM Spermine, 9 mM magnesium chloride, 0.9 mM spermidine, 1.8 mM Cobalt(III)hexammine chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 7.0, 5% (v/v) PEG 400, 20 mM iridium (III) hexammine chloride, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1051 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.775→29.059 Å / Num. all: 5865 / Num. obs: 5854 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 4.058
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.775-2.945.70.748688521.00199.9
2.94-3.125.71.444997850.43100
3.12-3.345.7243067510.277100
3.34-3.65.72.539796980.219100
3.6-3.955.63.536716520.15499.9
3.95-4.415.65.433235960.108100
4.41-5.15.65.928855140.199.7
5.1-6.245.44.724684560.12799.9
6.24-8.835.19.718173550.054100
8.83-29.685.41110481950.05394.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.78 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.498 / FOM acentric: 0.518 / FOM centric: 0.332 / 反射: 5849 / Reflection acentric: 5194 / Reflection centric: 651
Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.67 / FOM centric: 0.63 / 反射: 5850 / Reflection acentric: 5199 / Reflection centric: 651
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8-30.0050.960.970.9427120170
5-80.910.920.86813680133
4-50.820.840.711005891114
3.5-40.680.70.551003898105
3-3.50.520.530.4217641611153
2.8-30.480.490.3799491876

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.12データスケーリング
PHASER位相決定
RESOLVE2.14位相決定
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.792→29.059 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.302 / WRfactor Rwork: 0.265 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 36.426 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.885 / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 665 11.4 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.256 5847 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.54 Å2 / Biso mean: 78.29 Å2 / Biso min: 41.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.792→29.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1080 26 0 1106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0211237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731923
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0231.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.07127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.28131232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4894.51916
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.792-2.8640.325420.4936640999.756
2.864-2.9420.514530.43337643199.536
2.942-3.0260.384480.374340388100
3.026-3.1180.37530.276343396100
3.118-3.2190.298490.28432337499.465
3.219-3.3310.213370.24232636499.725
3.331-3.4550.294450.25230735399.717
3.455-3.5930.251370.27231835699.719
3.593-3.7510.263410.24129133399.7
3.751-3.930.302350.258285320100
3.93-4.1390.21330.226256289100
4.139-4.3840.32350.227256291100
4.384-4.6790.362330.228232265100
4.679-5.0440.26240.2223726399.24
5.044-5.5080.248260.22320323099.565
5.508-6.1310.332170.26193210100
6.131-7.0280.258260.257176202100
7.028-8.4840.429170.273142159100
8.484-11.5170.22670.202135142100
11.517-29.0590.26770.22779093.333
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 122.7474 Å / Origin y: 68.5031 Å / Origin z: -4.2619 Å
111213212223313233
T0.2038 Å2-0.0117 Å20.0418 Å2-0.2335 Å20.0443 Å2--0.1684 Å2
L0.3356 °2-0.6233 °2-0.1711 °2-5.9404 °2-0.0541 °2--0.99 °2
S0.007 Å °0.0791 Å °0.1314 Å °-0.1905 Å °-0.1574 Å °-0.6115 Å °0.0737 Å °0.0108 Å °0.1504 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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