+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3npq | ||||||
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Title | Structure of the S-adenosylhomocysteine riboswitch at 2.18 A | ||||||
Components | S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE RIBOSWITCH | ||||||
Keywords | RNA / riboswitch / S-adenosyl-homocysteine | ||||||
Function / homology | COBALT HEXAMMINE(III) / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia solanacearum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.1814 Å | ||||||
Authors | Reyes, F.E. / Edwards, A.E. / Batey, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Rna / Year: 2010 Title: Structural basis for recognition of S-adenosylhomocysteine by riboswitches. Authors: Edwards, A.L. / Reyes, F.E. / Heroux, A. / Batey, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3npq.cif.gz | 191 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3npq.ent.gz | 152.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3npq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3npq | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3npnSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 17489.508 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically Details: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase Source: (synth.) Ralstonia solanacearum (bacteria) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-NCO / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.18 Å3/Da / Density % sol: 61.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: hanging drop / pH: 7 Details: 2.25 mM Spermine, 9 mM magnesium chloride, 0.9 mM spermidine, 2.5 mM Cobalt(III)hexammine chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 7.0, 5% (v/v) PEG 400, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X25 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: -1/2*h-1/2*k-l,-1/2*h-1/2*k+l,-1/2*h+1/2*k / Fraction: 0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→23.014 Å / Num. obs: 41336 / % possible obs: 86.4 % / Redundancy: 6.2 % / Rsym value: 0.071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 34.93 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3NPN Resolution: 2.1814→23.014 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0.03 / Phase error: 28.09 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.228 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1814→23.014 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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