- PDB-3no0: Aquifex aeolicus type IIA topoisomerase C-terminal domain -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3no0
タイトル
Aquifex aeolicus type IIA topoisomerase C-terminal domain
要素
DNA gyrase subunit A
キーワード
ISOMERASE / DNA topology / topoisomerase / Aquifex aeolicus / C-terminal domain / gyrase / DNA binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報
DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能
DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily ...DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Type 2 topoisomerase subunit A 類似検索 - 構成要素
THE UNP SEQUENCE FOR THIS ENTRY TERMINATES PREMATURELY DUE TO A SEQUENCE FRAME SHIFT. THE CORRECT C- ...THE UNP SEQUENCE FOR THIS ENTRY TERMINATES PREMATURELY DUE TO A SEQUENCE FRAME SHIFT. THE CORRECT C-TERMINUS SEQUENCE CONTINUES WITH DKINQKDIPLSTKKSIPRTRWKLEDDEIIKVVIKKSE
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
-
試料調製
結晶
ID
マシュー密度 (Å3/Da)
溶媒含有率 (%)
1
2.54
51.5
2
3
4
結晶化
温度 (K)
Crystal-ID
手法
pH
詳細
291
1
蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
7.5
50 mM NaCL, 10mM Tris-HCl pH 7.5, 225 mM NH4NO3, 20% PEG 3500, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291
2
蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
7.5
50 mM NaCL, 10mM Tris-HCl pH 7.5, 50mM NaNO3, 20% PEG 3500, 10mM K2Pt(CN4), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291
3
蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
7.5
50 mM NaCL, 10mM Tris-HCl pH 7.5, 50mM NaNO3, 20% PEG 3500, 10 mM K2PtCl4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
291
4
蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
7.5
50 mM NaCL, 10mM Tris-HCl pH 7.5, 50mM NaNO3, 20% PEG 3500, 10 mM NaWO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
-
データ収集
回折
ID
平均測定温度 (K)
Crystal-ID
1
100
1
2
100
1
3
100
1
4
100
1
放射光源
由来
サイト
ビームライン
ID
波長 (Å)
シンクロトロン
ALS
8.3.1
1
1.1
シンクロトロン
ALS
8.3.1
2
1.071
シンクロトロン
ALS
8.3.1
3
1.071
シンクロトロン
ALS
8.3.1
4
1.214
検出器
タイプ
ID
検出器
日付
ADSC QUANTUM 315r
1
CCD
2007年4月20日
ADSC QUANTUM 315r
2
CCD
2007年5月9日
ADSC QUANTUM 315r
3
CCD
2007年5月9日
ADSC QUANTUM 315r
4
CCD
2007年5月9日
放射
ID
モノクロメーター
プロトコル
単色(M)・ラウエ(L)
散乱光タイプ
Wavelength-ID
1
Doubleflatcrystal, Si(111)
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
2
Doubleflatcrystal, Si(111)
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
3
Doubleflatcrystal, Si(111)
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
4
Doubleflatcrystal, Si(111)
SINGLEWAVELENGTH
M
x-ray
1
放射波長
ID
波長 (Å)
相対比
1
1.1
1
2
1.071
1
3
1.214
1
反射
解像度: 1.3→40.851 Å / Num. all: 222500 / Num. obs: 208073 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 15.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル
解像度: 1.3→1.315 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.357 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 18736 / % possible all: 84.8
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
SOLVE
位相決定
PHENIX
(phenix.refine: 1.5_2)
精密化
HKL-2000
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.3004→40.851 Å / SU ML: 0.2 / 位相誤差: 18.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.1894
10451
5.02 %
random, 5%
Rwork
0.1725
-
-
-
obs
0.1734
208073
93.51 %
-
all
-
222500
-
-
溶媒の処理
減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.454 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3