PDB-3nnk: Biochemical and Structural Characterization of a Ureidoglycine Am...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nnk

タイトル

Biochemical and Structural Characterization of a Ureidoglycine Aminotransferase in the Klebsiella pneumoniae Uric Acid Catabolic Pathway

要素

Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / AMINOTRANSFERASE / PLP-DEPENDENT

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.58 Å

データ登録者

French, J.B. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of a Ureidoglycine Aminotransferase in the Klebsiella pneumoniae Uric Acid Catabolic Pathway.
著者: French, J.B. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2010年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nnk.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nnk.ent.gz	1004.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3nnk_validation.pdf.gz	551.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nnk_full_validation.pdf.gz	645.2 KB	表示
XML形式データ	3nnk_validation.xml.gz	226.7 KB	表示
CIF形式データ	3nnk_validation.cif.gz	302.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vj0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	0822 2zc0-d 6ktl-d 5w1h-d 22447 2z9w-1 2z9u-1 2z9v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

B: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

C: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

D: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

E: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

F: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

G: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

H: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

J: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

K: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

L: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

M: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

O: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

P: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

R: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

S: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

735 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

B: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

C: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

D: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

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184 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

F: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

G: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

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3

J: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

K: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

L: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

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4

O: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

P: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

R: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

S: Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase

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184 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	142.150, 149.203, 197.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	J
10	1	K
11	1	L
12	1	M
13	1	O
14	1	P
15	1	R

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	-100 - 1000
2	1	1	6	B	-100 - 1000
3	1	1	6	C	-100 - 1000
4	1	1	6	D	-100 - 1000
5	1	1	6	E	-100 - 1000
6	1	1	6	F	-100 - 1000
7	1	1	6	G	-100 - 1000
8	1	1	6	H	-100 - 1000
9	1	1	6	J	-100 - 1000
10	1	1	6	K	-100 - 1000
11	1	1	6	L	-100 - 1000
12	1	1	6	M	-100 - 1000
13	1	1	6	O	-100 - 1000
14	1	1	6	P	-100 - 1000
15	1	1	6	R	-100 - 1000

#1: タンパク質	Ureidoglycine-glyoxylate aminotransferase 分子量: 45958.480 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: MGH78578 / 遺伝子: hpxJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5B0L4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 952 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 34% MPD, 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.549
1	1	h,-k,-l	2	0.451

反射

解像度: 2.58→50 Å / Num. all: 575000 / Num. obs: 240000 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 1.9 / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 33.6 Å² / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度: 2.58→2.65 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 12236 / R_sym value: 0.409 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VJ0

1vj0

解像度: 2.58→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 7.704 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24602	12213	5 %	RANDOM
R_work	0.21738	-	-	-
all	0.21882	575000	-	-
obs	0.21882	230218	93.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.593 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	-1.82 Å²
2-	-	21.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.58→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50682	0	0	952	51634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	51737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.992	1.969	70131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.193	5	6543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.671	22.914	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.622	15	8532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.241	15	472
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	7739
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	39320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.207	1.5	32446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.379	2	51900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.319	3	19291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.565	4.5	18231

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3113 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
B	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
C	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
D	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
E	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
F	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
G	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
H	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
J	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
K	LOOSE POSITIONAL	0.22	5
L	LOOSE POSITIONAL	0.28	5
M	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
O	LOOSE POSITIONAL	0.25	5
P	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
R	LOOSE POSITIONAL	0.26	5
A	LOOSE THERMAL	3.52	10
B	LOOSE THERMAL	1.71	10
C	LOOSE THERMAL	2.34	10
D	LOOSE THERMAL	1.28	10
E	LOOSE THERMAL	3.18	10
F	LOOSE THERMAL	1.58	10
G	LOOSE THERMAL	1.93	10
H	LOOSE THERMAL	1.6	10
J	LOOSE THERMAL	2.25	10
K	LOOSE THERMAL	1.56	10
L	LOOSE THERMAL	2.23	10
M	LOOSE THERMAL	1.78	10
O	LOOSE THERMAL	2.3	10
P	LOOSE THERMAL	1.34	10
R	LOOSE THERMAL	2.3	10

LS精密化シェル

解像度: 2.583→2.65 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.434	653	-
R_work	0.406	12236	-
obs	-	-	67.84 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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