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- PDB-3nmn: Crystal structure of pyrabactin-bound abscisic acid receptor PYL1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nmn
タイトルCrystal structure of pyrabactin-bound abscisic acid receptor PYL1 in complex with type 2C protein phosphatase ABI1
要素
  • Abscisic acid receptor PYL1
  • Protein phosphatase 2C 56
キーワードPROTEIN BINDING / PYL1 / Pyrabactin / Plant hormone receptor / abscisic acid signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity ...regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor complex / regulation of stomatal movement / response to abscisic acid / abscisic acid binding / histone H2AXS139 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / abscisic acid-activated signaling pathway / plastid / protein phosphatase inhibitor activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dephosphorylation / response to cold / defense response / kinase binding / signaling receptor activity / response to heat / protein kinase binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PYV / Protein phosphatase 2C 56 / Abscisic acid receptor PYL1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zhou, X.E. / Melcher, K. / Ng, L.-M. / Soon, F.-F. / Xu, Y. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Li, J. / Yong, E.-L. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Identification and mechanism of ABA receptor antagonism.
著者: Melcher, K. / Xu, Y. / Ng, L.M. / Zhou, X.E. / Soon, F.F. / Chinnusamy, V. / Suino-Powell, K.M. / Kovach, A. / Tham, F.S. / Cutler, S.R. / Li, J. / Yong, E.L. / Zhu, J.K. / Xu, H.E.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYL1
B: Protein phosphatase 2C 56
C: Abscisic acid receptor PYL1
D: Protein phosphatase 2C 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,25810
ポリマ－111,4064
非ポリマー8526
水3,243180
1
A: Abscisic acid receptor PYL1
B: Protein phosphatase 2C 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1295
ポリマ－55,7032
非ポリマー4263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
2
C: Abscisic acid receptor PYL1
D: Protein phosphatase 2C 56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1295
ポリマ－55,7032
非ポリマー4263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.978, 66.710, 72.598
Angle α, β, γ (deg.)115.78, 95.43, 105.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYL1 / PYR1-like protein 1 / ABI1-binding protein 6 / Regulatory components of ABA receptor 9


分子量: 20534.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PYL1, RCAR12, At5g46790, MZA15.21 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8VZS8
#2: タンパク質 Protein phosphatase 2C 56 / AtPP2C56 / Protein phosphatase 2C ABI1 / PP2C ABI1 / Protein ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 1


分子量: 35168.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ABI1, At4g26080, F20B18.190 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P49597, protein-serine/threonine phosphatase
#3: 化合物 ChemComp-PYV / 4-bromo-N-(pyridin-2-ylmethyl)naphthalene-1-sulfonamide / Pyrabactin / ピラバクチン


分子量: 377.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13BrN2O2S / コメント: ホルモン*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M ammonium sulphate, 0.1M BisTris, 22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 50236 / Num. obs: 46283 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 49.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3KDJ

3kdj


解像度: 2.15→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 15.115 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24751 3617 7.2 %RANDOM
Rwork0.2103 ---
obs0.21301 46283 96.99 %-
all-50236 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-1.47 Å2-2.38 Å2
2--0.11 Å21.22 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6956 0 48 180 7184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5521.969649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.909311921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6775875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.2823.253332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.062151228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2531568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217905
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8691.54405
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7711.51782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.30627114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.63832729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4254.52535
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.702312060
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.8775184
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.583511926
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 280 -
Rwork0.311 3118 -
obs--90.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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