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- PDB-3nm7: Crystal Structure of Borrelia burgdorferi Pur-alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nm7
タイトルCrystal Structure of Borrelia burgdorferi Pur-alpha
要素Uncharacterized protein
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN / Pur-alpha / Pur repeat / Pur domain / PURA / Whirly fold / RNA binding / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


purine-rich negative regulatory element binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of translation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function (DUF3276) / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #700 / Purine-rich element binding protein family / DNA/RNA-binding repeats in PUR-alpha/beta/gamma and in hypothetical proteins from spirochetes and the Bacteroides-Cytophaga-Flexibacter bacteria. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional/translational repressor BpuR
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Graebsch, A. / Roche, S. / Kostrewa, D. / Niessing, D.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Of Bits and Bugs - on the use of bioinformatics and a bacterial crystal structure to solve a eukaryotic repeat-protein structure.
著者: Graebsch, A. / Roche, S. / Kostrewa, D. / Soeding, S. / Niessing, D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: X-ray structure of Pur-alpha reveals a Whirly-like fold and an unusual nucleic-acid binding surface
著者: Graebsch, A. / Roche, S. / Niessing, D.
履歴
登録2010年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6757
ポリマ－59,5274
非ポリマー1483
水2,792155
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9125
ポリマ－29,7632
非ポリマー1483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7632
ポリマ－29,7632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area9120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.790, 57.750, 142.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31B
41D
12A
22C
13B
23D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3 - 13
2111C3 - 13
3111B3 - 13
4111D3 - 13
1211A19 - 40
2211C19 - 40
3211B19 - 40
4211D19 - 40
1311A49 - 54
2311C49 - 54
3311B49 - 54
4311D49 - 54
1411A56 - 77
2411C56 - 77
3411B56 - 77
4411D56 - 77
1121A14 - 18
2121C14 - 18
1221A41 - 48
2221C41 - 48
1321A55
2321C55
1131B14 - 18
2131D14 - 18
1231B41 - 48
2231D41 - 48

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 14881.649 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: BB_0047 / プラスミド: pGEX6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O51076
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 125 mM NaCl, 100 mM Hepes pH 7.2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 20614 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 35.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14.99
反射 シェル解像度: 2.21→2.34 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Rsym value: 0.522 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.9.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N8B

3n8b


解像度: 2.2→23.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9068 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 17.343 / SU ML: 0.193 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2608 1053 5.11 %RANDOM
Rwork0.2168 ---
obs0.219 20602 99.67 %-
all-20602 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.7686 Å20 Å20 Å2
2--8.1936 Å20 Å2
3---8.575 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 9 155 2752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012670HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173574HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d988SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes381HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2670HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.63
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3052 153 5.22 %
Rwork0.2564 2780 -
all0.2587 2933 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5528-0.8055-0.30024.8099-0.02833.58110.0468-0.0999-0.0771-0.60050.05570.16610.4975-0.1602-0.10250.407-0.0451-0.0740.1090.0340.1807-4.398-5.78421.922
22.42980.6418-2.07299.82874.437911.4270.0518-0.09370.6292-0.99-0.03260.17310.14170.2438-0.01920.42360.03-0.01620.10220.00090.2923-6.2610.58414.359
33.3548-1.5398-0.05210.08640.5674.80920.09390.06330.0259-0.9308-0.13241.6060.4426-0.76920.03850.3999-0.0437-0.19760.20240.04710.4816-15.4555.23116.878
46.1697-3.9465-7.93147.12727.099315.8770.1343-0.2030.1985-0.45040.1451-0.3796-0.21070.0448-0.27940.2249-0.01640.01740.03170.01930.17841.0214.63118.808
51.3781-1.28661.1035.8785-1.4734.8527-0.002-0.08770.147-0.69550.0840.1485-0.26290.1041-0.08190.4399-0.0406-0.00530.0667-0.00840.15141.839-22.58221.387
65.2332-1.20863.968111.742-5.76145.116-0.591-0.1668-0.339-0.89720.637-0.2603-0.1981-0.4401-0.0460.93090.1167-0.00920.1832-0.0640.22011.911-38.50512.983
77.31924.7348-2.26038.7112-0.06332.4894-0.84620.2638-1.1374-2.68910.4082-2.0144-0.00910.38460.4381.12880.00430.59690.1494-0.00790.625611.423-33.65414.067
813.8124-6.629311.88657.4175-7.389513.7729-0.00780.2349-0.2924-0.54320.14650.44120.06710.1242-0.13870.2799-0.0597-0.06760.02320.01540.2215-4.176-32.95219.375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A57 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4B57 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5C3 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6C57 - 77
7X-RAY DIFFRACTION7D3 - 56
8X-RAY DIFFRACTION8D57 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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