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- PDB-3ngt: Structure of Leishmania NDKb complexed with AMP. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ngt
タイトルStructure of Leishmania NDKb complexed with AMP.
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / LmNDKb / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / ciliary plasm / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Trindade, D.M. / Sousa, T.A.C.B. / Tonoli, C.C.C. / Santos, C.R. / Arni, R.K. / Ward, R.J. / Oliveira, A.H.C. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2011
タイトル: Molecular adaptability of nucleoside diphosphate kinase b from trypanosomatid parasites: stability, oligomerization and structural determinants of nucleotide binding.
著者: Souza, T.A. / Trindade, D.M. / Tonoli, C.C. / Santos, C.R. / Ward, R.J. / Arni, R.K. / Oliveira, A.H. / Murakami, M.T.
履歴
登録2010年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase
M: Nucleoside diphosphate kinase
N: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,76727
ポリマ－233,25314
非ポリマー4,51413
水6,431357
1
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,04110
ポリマ－83,3055
非ポリマー1,7365
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
I: Nucleoside diphosphate kinase
J: Nucleoside diphosphate kinase
K: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,70211
ポリマ－99,9666
非ポリマー1,7365
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0164
ポリマ－33,3222
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
4
C: Nucleoside diphosphate kinase
F: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0164
ポリマ－33,3222
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14130 Å2
手法PISA
5
D: Nucleoside diphosphate kinase
E: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0164
ポリマ－33,3222
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
6
G: Nucleoside diphosphate kinase
H: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0164
ポリマ－33,3222
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
7
I: Nucleoside diphosphate kinase
L: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6693
ポリマ－33,3222
非ポリマー3471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13120 Å2
手法PISA
8
M: Nucleoside diphosphate kinase
N: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0164
ポリマ－33,3222
非ポリマー6942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.949, 233.949, 265.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質
Nucleoside diphosphate kinase


分子量: 16660.953 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: L1648.07, LmjF32.2950, NDKb / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9U1E1, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: sodium/potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月12日
放射モノクロメーター: silicon double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→161 Å / Num. obs: 86594 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→161 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 11.131 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.622 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31359 4338 5 %RANDOM
Rwork0.23737 ---
obs0.24127 81830 97.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0.38 Å20 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→161 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16027 0 299 357 16683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02216378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8161.96422290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85252069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51223.098665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.115152488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.99815106
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7681.510244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.467216417
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26836134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7234.55866
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.636 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 331 -
Rwork0.281 6134 -
obs--99.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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