PDB-3ngh: Molecular Analysis of the Interaction of the HDL Receptor SR-BI w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ngh

タイトル

Molecular Analysis of the Interaction of the HDL Receptor SR-BI with the Adaptor Protein PDZK1

要素

PDZ domain-containing protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PDZ domain / Adaptor protein / SR-BI

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of monoatomic anion transport / protein localization to plasma membrane / brush border membrane / in utero embryonic development / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kocher, O. / Birrane, G. / Krieger, M. / Ladias, J.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: In vitro and in vivo analysis of the binding of the C terminus of the HDL receptor scavenger receptor class B, type I (SR-BI), to the PDZ1 domain of its adaptor protein PDZK1.
著者: Kocher, O. / Birrane, G. / Tsukamoto, K. / Fenske, S. / Yesilaltay, A. / Pal, R. / Daniels, K. / Ladias, J.A. / Krieger, M.

履歴

登録	2010年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ngh.cif.gz	105.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ngh.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ngh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/3ngh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2edzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n0k-d 2xfv-d 3d3r-d 4cl7-1 5eg0-d 6qw5-2 3qxt-d 3p38-1 3p39-3 6qvv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PDZ domain-containing protein 1

B: PDZ domain-containing protein 1

23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PDZ domain-containing protein 1

B: PDZ domain-containing protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.604, 55.114, 111.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PDZ domain-containing protein 1 / NHERF-3 / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / ...NHERF-3 / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF3 / CFTR-associated protein of 70 kDa / Na/Pi cotransporter C-terminal-associated protein 1 / NaPi-Cap1 / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 3 / Na(+)/H(+) exchanger regulatory factor 3 分子量: 11838.280 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 7-106 / 変異: C5S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cap70, Nherf3, Pdzk1 / プラスミド: pMal-c2x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9JIL4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	MOUSE SR-BI PROTEIN AS IN UNP ENTRY Q61009, RESIDUES 505-509

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Tris/HCl, 40% PEG 200, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30.7 Å / Num. all: 26518 / Num. obs: 26518 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 26.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.488 / R_sym value: 0.545 / Net I/σ(I): 41.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.86 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1235 / R_sym value: 0.056 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EDZ

2edz

解像度: 1.8→29.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.595 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23763	1003	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19973	-	-	-
all	0.20158	19752	-	-
obs	0.20158	19752	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	0	187	1853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.851	1.99	2315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.209	5	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.405	25.506	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.274	15	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.297	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.1	1.5	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.335	1.5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.887	2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.9	3	660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.677	4.5	606
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.318	63	-
R_work	0.228	1396	-
all	-	1459	-
obs	-	-	97.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5701	-0.0877	0.8374	1.1013	-0.3681	1.5369	-0.0239	0.1568	0.0893	0.0808	-0.0457	-0.0716	-0.0463	0.1046	0.0696	0.1521	0.0003	0.0045	0.1919	0.0101	0.2201	32.398	-3.221	90.962
2	1.1115	-0.4334	1.1835	1.2121	-0.1307	1.3843	-0.0652	0.0292	0.0793	0.0396	0.0446	0.0933	0.0342	0.0024	0.0205	0.1558	-0.0039	0.013	0.1902	0.0115	0.2016	26.377	-3.93	89.756
3	-0.4222	-1.347	-1.1809	1.0958	-2.7093	5.8104	-0.1824	0.0113	-0.1405	0.0494	0.3593	0.2417	-0.5712	-0.0321	-0.1769	0.1646	-0.033	-0.012	0.1994	-0.0441	0.2622	20.506	8.345	82.664
4	1.1069	1.9538	1.0905	2.4873	1.3113	0.6313	-0.1083	0.06	0.2139	-0.1645	0.0182	0.2481	-0.0953	0.1864	0.0901	0.2303	-0.014	-0.0745	0.2089	-0.0152	0.1876	30.747	7.614	62.28
5	2.2263	2.8643	3.5969	0.3615	3.0369	3.2109	-0.4213	-0.3222	0.7078	-0.3695	-0.3885	0.6122	0.1411	-0.1253	0.8099	0.385	0.0763	-0.1314	0.0348	-0.1263	0.336	22.725	3.316	63.472
6	-0.1002	-0.1122	-0.2516	0.4931	0.6674	0.5351	0.0188	-0.0009	0.0242	0.0855	-0.078	0.1339	0.1381	0.0632	0.0592	0.2279	-0.0189	-0.0421	0.1784	-0.0101	0.2333	22.02	-0.995	58.029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	26 - 67
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	68 - 111

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)