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万見
- PDB-3d3r: Crystal structure of the hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d3r
タイトルCrystal structure of the hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF family protein from Shewanella oneidensis MR-1
要素Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF
キーワードCHAPERONE / small beta-barrel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon dioxide binding / protein maturation / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC / HupF/HypC family / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NiFe hydrogenase assembly chaperone HypC
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella oneidensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kim, Y. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Hydrogenase Assembly Chaperone HypC/HupF Family Protein from Shewanella oneidensis MR-1.
著者: Kim, Y. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF
B: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4632
ポリマ－23,4632
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-35.2 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
2
A: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF
B: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF

A: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF
B: Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9264
ポリマ－46,9264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area14100 Å2
ΔGint-144.5 kcal/mol
Surface area15970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.864, 58.316, 51.924
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-96-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF


分子量: 11731.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-term 6-His-tag with TEV protease cleavage site
由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア)
株: MR-1 / 遺伝子: hypC, SO_2092 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EF93
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium citrate, 0.3M NDSB211, 0.5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→38.75 Å / Num. all: 15804 / Num. obs: 15804 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 30.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique all: 817 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXD位相決定
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→38.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.622 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.136
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 789 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.203 14966 --
obs0.203 14966 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20.45 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1285 0 0 86 1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221357
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9671846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7835173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.52324.76965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48415248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.7681510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2990.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6111.5869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.24821385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6833536
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9624.5461
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 68 -
Rwork0.194 1121 -
obs-1189 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4576-0.1648-0.22810.33330.08370.1514-0.01390.0062-0.02660.00790.03530.01330.00650.02-0.0214-0.01890.0108-0.0101-0.0083-0.0056-0.049821.58559.990812.7794
20.9736-0.31790.17330.2548-0.09950.088-0.0113-0.0063-0.00930.00760.042-0.0039-0.0211-0.0051-0.0307-0.01330.0176-0.0026-0.01410.0089-0.048524.056117.965411.5437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA-4 - 7617 - 97
2X-RAY DIFFRACTION2BB-3 - 7618 - 97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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