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万見
- PDB-3nfh: Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nfh
タイトルCrystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49 (P4)
要素DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
キーワードTRANSCRIPTION / DNA BINDING PROTEIN / winged helix / RNA polymerase / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I ...RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / : / ribosome biogenesis / nucleolus / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J.R. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: RNA Polymerase I Contains a TFIIF-Related DNA-Binding Subcomplex.
著者: Geiger, S.R. / Lorenzen, K. / Schreieck, A. / Hanecker, P. / Kostrewa, D. / Heck, A.J. / Cramer, P.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4342
ポリマ－55,4342
非ポリマー00
水3,693205
1
A: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7171
ポリマ－27,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7171
ポリマ－27,7171
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.710, 96.710, 54.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / A49 / DNA-directed RNA polymerase I 49 kDa polypeptide


分子量: 27717.176 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 154-399 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: N0880, RPA49, RRN13, YNL248C / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 (DE) RIL / 参照: UniProt: Q01080, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 26% PEG 4000, 200 mM lithium sulfate monohydrate, 100 mM Tris pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日 / 詳細: torodial focusing mirror
放射モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→80 Å / Num. obs: 26581 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 30.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 2.17→2.45 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Rsym value: 0.597 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Crystal structure of tandem winged helix domain of RNA polymerase I subunit A49 (SG P21, on hold)

解像度: 2.17→36.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9433 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2245 1339 5.04 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
obs0.1897 26581 --
all-26581 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5421 Å20 Å20 Å2
2--0.5421 Å20 Å2
3----1.0842 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.292 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3376 0 0 205 3581
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013441HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.084661HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1239SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes87HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes473HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3441HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4765
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact42454
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.26 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 139 5.17 %
Rwork0.2371 2552 -
all0.2378 2691 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4674-0.5182-0.72262.05330.9792.7499-0.0155-0.08190.17960.1373-0.02070.14220.15770.08720.0363-0.09830.02320.0068-0.0772-0.0285-0.093631.8614-36.03581.6031
22.0586-0.16890.07151.8534-0.43662.2641-0.0748-0.1266-0.23960.1589-0.0349-0.09790.09270.04580.1098-0.05880.05020.0084-0.10620.0395-0.10649.8032-17.901724.6985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|*}A185 - 399
2X-RAY DIFFRACTION2{B|*}B177 - 399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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