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- PDB-3nf3: Crystal structure of BoNT/A LC with JTH-NB-7239 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nf3
タイトルCrystal structure of BoNT/A LC with JTH-NB-7239 peptide
要素
  • BoNT/A
  • JTH-NB72-39 inhibitor
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Botulinum neurotoxin / SNARE / BOTULISM / INHIBITION / METALLOPROTEASE / NEUROTRANSMISSION / NEUROMUSCULAR JUNCTION / HYDROLASE / MEMBRANE / METAL-BINDING / PROTEASE / SECRETED / TOXIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bontoxilysin / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
JTH-NB72-39 / NICKEL (II) ION / BoNT/A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zuniga, J.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Iterative structure-based peptide-like inhibitor design against the botulinum neurotoxin serotype A.
著者: Zuniga, J.E. / Hammill, J.T. / Drory, O. / Nuss, J.E. / Burnett, J.C. / Gussio, R. / Wipf, P. / Bavari, S. / Brunger, A.T.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BoNT/A
C: JTH-NB72-39 inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7794
ポリマ－49,6552
非ポリマー1242
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.100, 189.600, 41.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BoNT/A / Bont/A1 / Botulinum neurotoxin type A / Neurotoxin A / Neurotoxin BoNT


分子量: 48704.070 Da / 分子数: 1 / 断片: Light Chain, residues 1-420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: bont/a, boNT/A, bonta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7B8V4
#2: タンパク質・ペプチド JTH-NB72-39 inhibitor


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 951.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: JTH-NB72-39
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 293 K / pH: 7.4
詳細: 14% PEG MME 2000, 10mM NiCl2, 100mM HEPES pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月6日
放射モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE-ROOT I -BEAM SINGLE CRYSTAL, ASYMMETRIC CUT 4.965 DEGS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45 Å / Num. obs: 16177 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DSE

3dse


解像度: 2.4→38.02 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 815 5.04 %
Rwork0.183 --
obs0.185 16177 89.7 %
all-18077 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.31 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.1682 Å2-0 Å20 Å2
2---0.6 Å2-0 Å2
3---11.7682 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3255 0 2 86 3343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8024470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0471207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4028-2.55340.28941000.20052044X-RAY DIFFRACTION73
2.5534-2.75050.23831300.18062343X-RAY DIFFRACTION84
2.7505-3.02710.25811470.1822541X-RAY DIFFRACTION90
3.0271-3.46490.23431450.18192692X-RAY DIFFRACTION95
3.4649-4.36440.20411500.16372780X-RAY DIFFRACTION97
4.3644-38.0270.22851430.19272963X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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