PDB-3neu: The crystal structure of a functionally-unknown protein lin1836 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3neu

タイトル

The crystal structure of a functionally-unknown protein lin1836 from Listeria innocua Clip11262

要素

Lin1836 protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown function / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Tan, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally-unknown protein lin1836 from Listeria innocua Clip11262
著者: Tan, K. / Li, H. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3neu.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3neu.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3neu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3neu_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3neu_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	3neu_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	3neu_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3neu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3neu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1zzj-d 4iht-2 5xxp-d 3hct-d 1dto-d 6zhi-1 3oyy-1 4oij-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88792

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lin1836 protein

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lin1836 protein

ヘテロ分子

A: Lin1836 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.828, 88.051, 38.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Lin1836 protein 分子量: 14493.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: Clip11262 / 遺伝子: lin1836 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92AT3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10%(w/v)PEG1000, 10%(w/v)PEG8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→28.5 Å / Num. all: 19919 / Num. obs: 19919 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 38
反射シェル	解像度: 1.58→1.61 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.747 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 986 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→28.264 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.1 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2219	973	5.09 %	random
R_work	0.1936	-	-	-
obs	0.1951	19100	95.03 %	-
all	-	19100	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 66.427 Å² / k_sol: 0.44 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.512 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.8111 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.299 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→28.264 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	953	0	6	98	1057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	1415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.082	423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	154
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5796-1.6629	0.3052	101	0.2629	2329	X-RAY DIFFRACTION	86
1.6629-1.767	0.2714	145	0.2127	2435	X-RAY DIFFRACTION	92
1.767-1.9034	0.2237	143	0.1854	2577	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9034-2.0949	0.2273	145	0.1866	2653	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0949-2.3979	0.205	140	0.1782	2699	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3979-3.0206	0.2151	156	0.1881	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0206-28.2682	0.2168	143	0.1942	2704	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9194	0.0862	-0.984	0.5986	-0.2383	1.7771	-0.0175	0.147	0.0651	-0.035	0.0562	-0.0107	0.0151	-0.0758	-0.0643	0.2012	-0.018	-0.006	0.2028	-0.0186	0.2188	7.1729	19.3027	-0.9768
2	0.5797	-0.0776	-0.4573	0.2638	-0.3649	1.0703	0.1378	0.0929	0.1388	0.411	-0.0451	0.2541	0.0312	-0.0733	-0.0253	0.258	-0.0269	-0.0011	0.2743	-0.031	0.2318	-3.0236	9.1819	14.1217
3	1.1504	0.3586	-0.4636	0.4184	-0.3147	1.0908	0.3214	-0.0975	0.1114	0.2753	-0.3382	-0.0312	0.8258	0.1309	0.0883	0.3695	0.0068	-0.0145	0.2944	0.0261	0.2427	1.1328	-6.0168	23.1376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A resid 2:76
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A resid 77:102
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A resid 103:120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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