PDB-3nec: Crystal Structure of Toxoplasma gondii Profilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nec

タイトル

Crystal Structure of Toxoplasma gondii Profilin

要素

Inflammatory profilin

キーワード

ACTIN-BINDING PROTEIN / actin-binding / profilin

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / actin monomer binding / phospholipid binding / actin cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kucera, K. / Modis, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure-based analysis of Toxoplasma gondii profilin: a parasite-specific motif is required for recognition by Toll-like receptor 11.
著者: Kucera, K. / Koblansky, A.A. / Saunders, L.P. / Frederick, K.B. / De La Cruz, E.M. / Ghosh, S. / Modis, Y.

履歴

登録	2010年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nec.cif.gz	272.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nec.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nec_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nec_full_validation.pdf.gz	482.5 KB	表示
XML形式データ	3nec_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	3nec_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/3nec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jkfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3uc5-d 6x27-1 5oq1-2 3hva-1 6sjx-d 2qg8-d 5jly-2 1w1g-d 3q8v-8 4c84-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Inflammatory profilin

B: Inflammatory profilin

C: Inflammatory profilin

D: Inflammatory profilin

ヘテロ分子

72.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inflammatory profilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inflammatory profilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Inflammatory profilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Inflammatory profilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.528, 53.335, 68.617
Angle α, β, γ (deg.)	74.70, 73.82, 68.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Inflammatory profilin / Profilin 分子量: 17949.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Expressed with an N-terminal 6x Histidine tag and thrombin cleavage sequence. 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: PRF / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q58NA1
#2: 化合物	ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 753 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.4 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月15日詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification.
放射	モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3:3:1 demagnification プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→27 Å / Num. obs: 61203 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 19 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.18
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0077	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2JKF without residues 57-77

2jkf

解像度: 1.7→26.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.801 / SU ML: 0.072 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19618	2814	4.4 %	RANDOM
R_work	0.1587	-	-	-
obs	-	61203	94.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.258 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.27 Å²	-0.1 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0.04 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.107 Å	0.011 Å
Luzzati sigma a	-	0.072 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4974	0	52	753	5779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.168	1.943	7058
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.656	5	684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.983	25.992	247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.016	15	827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.59	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.336	5	3277
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.633	10	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.634	20	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.768	25	1828

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	19	-
R_work	0.23446	3362	-
obs	-	7550	77.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.901	-0.1477	0.3853	0.9791	0.3308	1.0712	0.0266	-0.0257	0.0586	0.0312	-0.0256	0.0008	0.0921	0.019	-0.001	0.0457	-0.0154	0.0318	0.0482	0.0124	0.072	-0.3893	-0.7749	9.2715
2	2.1073	-1.3965	0.8844	1.0635	-0.4034	0.6136	-0.0072	0.0312	0.0134	0.1336	0.0183	0.0863	-0.0179	-0.0313	-0.011	0.1009	-0.0297	0.0193	0.0741	0.0018	0.1261	-19.1563	-8.5841	-2.3137
3	1.5667	0.0321	0.1739	1.0373	0.1583	1.0501	-0.0308	0.0003	0.2037	-0.0168	-0.0052	0.0276	-0.0708	0.0157	0.036	0.0278	-0.0135	0.0121	0.0367	0.0176	0.0823	9.5277	-29.1573	1.2017
4	1.6608	3.4962	-1.6008	6.1629	-3.0583	1.4315	0.2428	0.0335	0.2239	0.2107	-0.125	0.3507	-0.248	0.0424	-0.1178	0.1293	-0.0791	0.0183	0.1496	0.0118	0.1521	28.0863	-16.5095	12.5058
5	0.5114	-0.2117	0.2048	0.8198	-0.2083	1.4454	0.0508	0.0821	-0.0567	-0.0819	-0.057	0.0172	0.1414	0.1404	0.0062	0.0741	0.0203	-0.0117	0.0746	-0.0127	0.0721	-9.8091	-14.6555	-21.6205
6	1.9009	-2.2835	-0.277	2.4311	0.1941	0.9337	-0.0029	-0.0768	-0.1148	0.0305	0.0109	-0.105	0.1383	0.2479	-0.0079	0.1212	0.0228	0.0024	0.1889	0.0122	0.1337	-0.8543	-13.0485	-43.2061
7	0.7053	-0.0986	0.0785	0.7269	-0.0437	2.2928	-0.0694	0.0072	0.0132	0.0025	-0.0382	-0.0473	0.0431	-0.0213	0.1075	0.0719	0.0052	0.0007	0.0503	-0.0095	0.0631	6.473	-39.0618	-31.8902
8	0.2835	-1.6458	0.4368	5.6214	-0.8063	0.8816	0.0371	0.0843	-0.115	-0.0331	-0.0562	0.0831	0.0098	-0.0955	0.0191	0.0698	-0.019	0.0122	0.1096	-0.0228	0.1094	0.1408	-45.7232	-10.3199

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	68 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 67
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	68 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	49 - 67
7	X-RAY DIFFRACTION	5	C	3 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	5	C	68 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	49 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	7	D	3 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	7	D	68 - 163
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	49 - 67

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