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- PDB-3ne2: Archaeoglobus fulgidus aquaporin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ne2
タイトルArchaeoglobus fulgidus aquaporin
要素Probable aquaporin AqpM
キーワードTRANSPORT PROTEIN / transmembrane helices / water channel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
機能・相同性
機能・相同性情報


channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable aquaporin AqpM
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Archaeoglobus fulgidus aquaporin
著者: Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable aquaporin AqpM
B: Probable aquaporin AqpM
C: Probable aquaporin AqpM
D: Probable aquaporin AqpM
E: Probable aquaporin AqpM
F: Probable aquaporin AqpM
G: Probable aquaporin AqpM
H: Probable aquaporin AqpM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,40417
ポリマ－201,7738
非ポリマー2,6319
水52229
1
A: Probable aquaporin AqpM
B: Probable aquaporin AqpM
C: Probable aquaporin AqpM
D: Probable aquaporin AqpM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3489
ポリマ－100,8864
非ポリマー1,4625
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17430 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
2
E: Probable aquaporin AqpM
F: Probable aquaporin AqpM
G: Probable aquaporin AqpM
H: Probable aquaporin AqpM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0568
ポリマ－100,8864
非ポリマー1,1694
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15760 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area27630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.899, 199.861, 90.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 245 / Label seq-ID: 3 - 245

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
詳細The biological unit is a tetramer. There are two tetramers in the asymmetric unit. Chains A,B,C, and D comprise one tetramer and chains E,F,G, and H comprise the second.

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要素

#1: タンパク質
Probable aquaporin AqpM


分子量: 25221.607 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: aqpM, AF_1426 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28846
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 %

-
データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日 / 詳細: monochrometer
放射モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 35301 / Num. obs: 35301 / % possible obs: 54.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 820 / % possible all: 12.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ELVES精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Accession code 2F2B

2f2b


解像度: 3→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.25 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.71 / SU B: 55.475 / SU ML: 0.453 / SU R Cruickshank DPI: 0.577 / SU Rfree: 0.659 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.659 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY TLS refinement - each chain a separate group, strict NCS restraints for all chains
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1693 5.1 %RANDOM
Rwork0.245 ---
all0.246 33177 --
obs0.246 33177 61.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 191.47 Å2 / Biso mean: 141.86 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å2-0 Å20.64 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14029 0 180 29 14238
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02214569
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1651.97719928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.953322794
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0351947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.86422.762420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.354151934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.911540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.22392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.241.59583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.081.54086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.392215241
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.55334986
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9194.54687
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2831 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ATIGHT POSITIONAL0.040.05
2BTIGHT POSITIONAL0.030.05
3CTIGHT POSITIONAL0.040.05
4DTIGHT POSITIONAL0.030.05
5ETIGHT POSITIONAL0.030.05
6FTIGHT POSITIONAL0.040.05
7GTIGHT POSITIONAL0.030.05
8HTIGHT POSITIONAL0.030.05
1ATIGHT THERMAL0.070.5
2BTIGHT THERMAL0.050.5
3CTIGHT THERMAL0.060.5
4DTIGHT THERMAL0.050.5
5ETIGHT THERMAL0.040.5
6FTIGHT THERMAL0.070.5
7GTIGHT THERMAL0.040.5
8HTIGHT THERMAL0.050.5
LS精密化 シェル解像度: 2.996→3.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.491 48 -
Rwork0.367 923 -
all-971 -
obs--24.65 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7737-0.24570.535810.2455-1.35732.31610.15750.1538-0.0022-1.2827-0.01530.3543-0.3559-0.0301-0.14220.448-0.0339-0.0560.25910.01140.0311-1.30833.713-2.515
22.41440.39970.05858.6351-0.65673.63750.0345-0.18390.34872.57110.25491.9123-0.9776-0.5051-0.28941.47630.14920.48160.33330.03170.4858-11.95540.15821.978
30.441-0.9217-0.548110.4593-1.61484.6190.05410.08290.08780.4925-0.4207-3.0232-0.3520.55690.36660.105-0.1104-0.22820.39640.10181.07521.20724.1319.65
42.0739-0.77520.66568.1923-0.96852.4683-0.1126-0.41070.18693.36980.0847-2.0413-0.9848-0.11990.02793.0298-0.1092-0.79330.2558-0.04530.532810.98930.94734.203
52.5801-1.41170.5228.65990.02754.0553-0.2446-0.2432-0.04451.94080.27013.44970.1003-0.5992-0.02550.5527-0.04780.67440.59460.11.6161-21.048-11.29524.024
61.7415-1.0109-0.332210.0849-0.61892.7120.22030.0210.0241-1.1308-0.04850.34970.3996-0.0737-0.17180.3396-0.0788-0.13270.2448-0.02190.07970.333-19.5069.024
73.16880.2905-0.3077.63120.24632.3485-0.0936-0.6312-0.31464.46350.23381.147-0.0137-0.3041-0.14013.4852-0.03170.56830.63060.14020.2654-7.078-16.99747.066
82.5371-0.210.57799.93-0.60942.68290.0731-0.3318-0.02432.2618-0.0643-1.79210.55350.2914-0.00881.4078-0.0178-0.67240.4410.01180.407214.46-24.96531.858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8H-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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