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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ne2 | ||||||
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タイトル | Archaeoglobus fulgidus aquaporin | ||||||
![]() | Probable aquaporin AqpM | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / transmembrane helices / water channel / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Archaeoglobus fulgidus aquaporin 著者: Lee, J.K. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 715.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 605.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2f2bS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 245 / Label seq-ID: 3 - 245
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詳細 | The biological unit is a tetramer. There are two tetramers in the asymmetric unit. Chains A,B,C, and D comprise one tetramer and chains E,F,G, and H comprise the second. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25221.607 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 糖 | ChemComp-BOG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.58 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日 / 詳細: monochrometer |
放射 | モノクロメーター: Khozu double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 35301 / Num. obs: 35301 / % possible obs: 54.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.8 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 820 / % possible all: 12.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB Accession code 2F2B 解像度: 3→39.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / WRfactor Rfree: 0.272 / WRfactor Rwork: 0.25 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.71 / SU B: 55.475 / SU ML: 0.453 / SU R Cruickshank DPI: 0.577 / SU Rfree: 0.659 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.659 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY TLS refinement - each chain a separate group, strict NCS restraints for all chains
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 191.47 Å2 / Biso mean: 141.86 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→39.07 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2831 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.996→3.073 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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