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- PDB-3nds: Crystal structure of engineered Naja Nigricollis toxin alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nds
タイトルCrystal structure of engineered Naja Nigricollis toxin alpha
要素Short neurotoxin 1
キーワードTOXIN / Disulfide pairing / folding intermediates / Three finger toxin fold / Snake toxin / venom
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Short neurotoxin 1
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Stura, E.A. / Drevet, P. / Gregory, G. / Gallopin, M. / Vandame, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Conformational exchange is critical for the productivity of an oxidative folding intermediate with buried free cysteines.
著者: Gross, G. / Gallopin, M. / Vandame, M. / Couprie, J. / Stura, E. / Zinn-Justin, S. / Drevet, P.
履歴
登録2010年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short neurotoxin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3435
ポリマ－6,8931
非ポリマー4514
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.666, 40.666, 72.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Short neurotoxin 1 / Neurotoxin alpha


分子量: 6892.859 Da / 分子数: 1 / 断片: ENGINEERED TOXIN ALPHA / 変異: inserted Ser 18 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence has ser18 inserted in the alpha toxin from Naja nigricollis.
参照: UniProt: P01426
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25 mg/ml toxin alpha-62 mutant lyophilized (2mg resuspende in 80 l 50mM sodium acetate, pH 4.25, 0.02% NaN3. precipitant: 1.8M A.S., 5% MPD, 80mM Na citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9794913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→40.83 Å / Num. all: 19632 / Num. obs: 19396 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.2-1.268.40.6463.325920.64693.9
1.26-1.3413.30.4885.926430.48899.5
1.34-1.4314.80.3221024860.32299.7
1.43-1.5514.80.1916.924860.1999.8
1.55-1.714.70.11327.921830.113100
1.7-1.914.60.07639.119670.076100
1.9-2.1914.30.0655417690.065100
2.19-2.6813.80.05761.315210.057100
2.68-3.7912.90.03669.512030.03699.8
3.79-40.8311.40.03567.86930.03594.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IQ9

1iq9


解像度: 1.2→28.755 Å / SU ML: 0.06 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 991 5.12 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1718 19346 98.51 %-
all-19632 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.895 Å2 / ksol: 0.426 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5977 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5977 Å20 Å2
3----1.1954 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数475 0 29 96 600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.4991031
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.987296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.205110
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.2-1.26330.24281280.18712409253793
1.2633-1.34250.16431410.1532576271799
1.3425-1.44610.14231460.130126062752100
1.4461-1.59160.15071280.120826342762100
1.5916-1.82190.15181680.126126172785100
1.8219-2.29530.18081430.134526982841100
2.2953-28.76370.22811370.19122815296298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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