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万見
- PDB-3nd4: Watson-Crick 16-mer dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nd4
タイトルWatson-Crick 16-mer dsRNA
要素5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
キーワードRNA / double-stranded RNA / 16 base pair RNA
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.524 Å
データ登録者Mooers, B.H. / Singh, A.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: The crystal structure of an oligo(U):pre-mRNA duplex from a trypanosome RNA editing substrate.
著者: Mooers, B.H. / Singh, A.
履歴
登録2010年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1694
ポリマ－5,0831
非ポリマー863
水1,71195
1
A: 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3398
ポリマ－10,1662
非ポリマー1736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area5890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.094, 41.094, 123.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-17-

MG

21A-18-

K

31A-24-

HOH

41A-25-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*AP*UP*CP*UP*UP*CP*UP*CP*U)-3'


分子量: 5083.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 mM MgCl2, 10 mM Spermine, 2M lithium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月28日 / 詳細: Varimax-HF confocal optical system
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.524→18.39 Å / Num. all: 6419 / Num. obs: 6419 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.52-1.614.60.1584.740638810.15897.1
1.61-1.77.60.104766728820.104100
1.7-1.827.70.0759.663378200.075100
1.82-1.977.80.0691059747670.069100
1.97-2.167.90.05412.257807280.054100
2.16-2.417.90.04613.450976460.046100
2.41-2.787.80.04114.844865720.041100
2.78-3.417.60.03513.637734960.035100
3.41-4.827.50.0341429523920.03499.9
4.82-18.397.10.03314.316592350.03398.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.524→18.39 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.859 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 642 10.01 %
Rwork0.172 --
obs0.176 6412 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.549 Å2 / ksol: 0.462 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 47.19 Å2 / Biso mean: 17.26 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.031 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.031 Å20 Å2
3----0.062 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.524→18.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 336 3 95 434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.614591
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.291188
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.524-1.6420.2341230.1821108123198
1.642-1.8070.2281260.17311251251100
1.807-2.0680.2451290.17511611290100
2.068-2.6040.2371270.17611541281100
2.604-18.3910.1831370.16412221359100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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