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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nd4 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Watson-Crick 16-mer dsRNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-R(*キーワード | RNA / double-stranded RNA / 16 base pair RNA | 機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.524 Å | データ登録者 | Mooers, B.H. / Singh, A. | 引用 | ジャーナル: Rna / 年: 2011 | タイトル: The crystal structure of an oligo(U):pre-mRNA duplex from a trypanosome RNA editing substrate. 著者: Mooers, B.H. / Singh, A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nd4.cif.gz | 27 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3nd4.ent.gz | 17.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nd4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/3nd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/3nd4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5083.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.79 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15 mM MgCl2, 10 mM Spermine, 2M lithium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年11月28日 / 詳細: Varimax-HF confocal optical system | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.524→18.39 Å / Num. all: 6419 / Num. obs: 6419 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.524→18.39 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.859 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.549 Å2 / ksol: 0.462 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 47.19 Å2 / Biso mean: 17.26 Å2 / Biso min: 6.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.524→18.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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