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- PDB-3ncw: Crystal structure of EHEC O157:H7 intimin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ncw
タイトルCrystal structure of EHEC O157:H7 intimin
要素Intimin adherence protein
キーワードCELL ADHESION / CELL MEMBRANE / IMMUNOGLOBULIN-LIKE FOLD / C-TYPE and LECTIN-LIKE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Immunoglobulin-like - #1080 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) ...Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Immunoglobulin-like - #1080 / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yi, Y. / Gao, F. / Gao, G.F. / Zou, Q.M.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of EHEC Intimin: Insights into the Complementarity between EPEC and EHEC
著者: Yi, Y. / Ma, Y. / Gao, F. / Mao, X. / Peng, H. / Feng, Y. / Fan, Z. / Wang, G. / Guo, G. / Yan, J. / Zeng, H. / Zou, Q.M. / Gao, G.F.
履歴
登録2010年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intimin adherence protein
B: Intimin adherence protein
C: Intimin adherence protein
D: Intimin adherence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6924
ポリマ－82,6924
非ポリマー00
水2,792155
1
A: Intimin adherence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Intimin adherence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Intimin adherence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Intimin adherence protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6731
ポリマ－20,6731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.157, 44.810, 129.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Intimin adherence protein / Intimin


分子量: 20673.098 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 747-934 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: EHEC / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6UYL6, UniProt: P43261*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.21 Å / Num. obs: 32396 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 109738
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
CNS精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F00

1f00


解像度: 2.8→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2962 3229 9.6 %RANDOM
Rwork0.2537 29069 --
all-33523 --
obs-32298 96.3 %-
溶媒の処理Bsol: 24.5136 Å2
原子変位パラメータBiso max: 100.68 Å2 / Biso mean: 29.5956 Å2 / Biso min: 1.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å2-0.29 Å2
2---5.68 Å20 Å2
3---3.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5640 0 0 155 5795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.646
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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