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- PDB-3nct: X-ray crystal structure of the bacterial conjugation factor PsiB,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nct
タイトルX-ray crystal structure of the bacterial conjugation factor PsiB, a negative regulator of reca
要素Protein psiB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CHAPERONE
機能・相同性Plasmid SOS inhibition protein / Protein PsiB / Protein PsiB-like superfamily / Plasmid SOS inhibition protein (PsiB) / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Protein PsiB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Petrova, V. / Satyshur, K.A. / George, N.P. / McCaslin, D. / Cox, M.M. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray crystal structure of the bacterial conjugation factor PsiB, a negative regulator of RecA.
著者: Petrova, V. / Satyshur, K.A. / George, N.P. / McCaslin, D. / Cox, M.M. / Keck, J.L.
履歴
登録2010年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein psiB
B: Protein psiB
C: Protein psiB
D: Protein psiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5094
ポリマ－64,5094
非ポリマー00
水4,648258
1
A: Protein psiB
C: Protein psiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2542
ポリマ－32,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
2
B: Protein psiB
D: Protein psiB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2542
ポリマ－32,2542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.815, 93.815, 164.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
Protein psiB


分子量: 16127.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ECOK12F063, psiB / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10031
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS CLAIM THAT THE UNIPROT ENTRY P10031 CONTAINS AN INCORRECT AMINOACID AT POSITION 137. ...THE AUTHORS CLAIM THAT THE UNIPROT ENTRY P10031 CONTAINS AN INCORRECT AMINOACID AT POSITION 137. THE CORRECT FULL SEQUENCE IS REPORTED IN THE PAPER BY DUTREIX M. ET AL. (NUCLEIC ACIDS RESEARCH 1988, V. 16, PAGES:10669-10679). SEE ALSO REMARK SEQADV.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 136 mM sodium acetate, pH 5.2, 1.4% PEG 4000, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 71325 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.9 % / Rsym value: 0.269 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.442 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21029 1909 5 %RANDOM
Rwork0.18491 ---
all0.18619 ---
obs0.18619 36000 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4298 0 0 258 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214449
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9286060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6075565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.55124.255235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.44515680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.851532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4151.52771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81924438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58331678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6114.51616
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 135 -
Rwork0.196 2602 -
obs--99.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44160.820.11082.4654-0.24953.28550.00270.10090.2915-0.0040.07740.1769-0.4140.1242-0.08010.1183-0.0497-0.03430.02630.03970.0997-21.821-8.721-39.382
21.57330.5881-0.55713.0411-0.98132.9324-0.10770.0461-0.2613-0.07650.1431-0.07570.3770.1122-0.03540.13570.0209-0.01470.0171-0.02190.0628-26.767-39.543-38.296
33.43980.53130.79512.09790.50132.96270.02930.0648-0.47670.0691-0.0217-0.53860.0870.7168-0.00760.0264-0.0053-0.0550.24160.05580.2492-4.564-22.527-32.625
43.00990.522-0.72592.8841-0.79293.7266-0.03330.11540.50060.13230.26640.8244-0.0083-0.3723-0.23310.00740.00790.02630.04670.08090.3136-44.148-25.446-33.641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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