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- PDB-3n7x: Crystal structure of Penaeus stylirostris densovirus capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n7x
タイトルCrystal structure of Penaeus stylirostris densovirus capsid
要素Capsid protein
キーワードVIRUS / icosahedral virus capsid / virus-like particle / capsid protein / beta-barrel / parvovirus / brevidensovirus
機能・相同性Infectious hypodermal and haematopoietic necrosis virus, capsid protein / Infectious hypodermal and haematopoietic necrosis virus, capsid / metal ion binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kaufmann, B. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Structure of Penaeus stylirostris densovirus, a shrimp pathogen.
著者: Bärbel Kaufmann / Valorie D Bowman / Yi Li / Jozsef Szelei / Peter J Waddell / Peter Tijssen / Michael G Rossmann /
要旨: Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV), a pathogen of penaeid shrimp, causes significant damage to farmed and wild shrimp populations. In contrast to other parvoviruses, PstDNV probably has only ...Penaeus stylirostris densovirus (PstDNV), a pathogen of penaeid shrimp, causes significant damage to farmed and wild shrimp populations. In contrast to other parvoviruses, PstDNV probably has only one type of capsid protein that lacks the phospholipase A2 activity that has been implicated as a requirement during parvoviral host cell infection. The structure of recombinant virus-like particles, composed of 60 copies of the 37.5-kDa coat protein, the smallest parvoviral capsid protein reported thus far, was determined to 2.5-Å resolution by X-ray crystallography. The structure represents the first near-atomic resolution structure within the genus Brevidensovirus. The capsid protein has a β-barrel "jelly roll" motif similar to that found in many icosahedral viruses, including other parvoviruses. The N-terminal portion of the PstDNV coat protein adopts a "domain-swapped" conformation relative to its twofold-related neighbor similar to the insect parvovirus Galleria mellonella densovirus (GmDNV) but in stark contrast to vertebrate parvoviruses. However, most of the surface loops have little structural resemblance to any of the known parvoviral capsid proteins.
履歴
登録2010年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月7日Group: Other
改定 1.32014年7月16日Group: Other
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.62019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6134
ポリマ－37,5241
非ポリマー893
水2,864159
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,256,785240
ポリマ－2,251,46460
非ポリマー5,321180
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 188 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,06520
ポリマ－187,6225
非ポリマー44315
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 226 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,67824
ポリマ－225,1466
非ポリマー53218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
ヘテロ分子
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.13 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,128,392120
ポリマ－1,125,73230
非ポリマー2,66190
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)235.890, 245.471, 268.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.31094457, -0.82664326, -0.46901491), (0.78826883, 0.5, -0.35865244), (0.53098508, -0.25818903, 0.80708941)51.94709, 31.4205, 16.22486
3generate(-0.80397051, -0.54926736, -0.22789698), (0.44880324, -0.30901699, -0.83850065), (0.390137, -0.7764114, 0.49495352)34.51651, 82.25994, 48.79047
4generate(-0.80397051, 0.44880364, 0.39013699), (-0.54926687, -0.30901699, -0.77641071), (-0.22789698, -0.8385014, 0.49495352)-28.20327, 82.25994, 52.69227
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20generate(0.39661126, 0.3394659, -0.85291412), (-0.33946559, -0.80901699, -0.47984821), (-0.85291412, 0.47984864, -0.20562825)-21.33238, 113.68044, -30.15417
21generate(-0.06197017, 0.998071, 0.00385516), (-0.06208994, -0.99807011), (-0.99614483, -0.06209, 0.06197017)-62.71978, 62.841, 3.9018
22generate(0.76952601, 0.54926736, -0.3257842), (-0.54926687, 0.30901699, -0.77641071), (-0.32578421, 0.7764114, 0.53949098)-34.51651, 43.42206, -48.79047
23generate(0.49926373, -0.2773759, -0.82085224), (-0.33946559, 0.80901699, -0.47984821), (0.79718174, 0.51822236, 0.30975326)17.43058, 12.00156, -32.56561
24generate(-0.49926372, -0.3394659, -0.79718174), (0.27737565, 0.80901699, -0.5182219), (0.82085224, -0.47984864, -0.30975326)21.33238, 12.00156, 30.15417
25generate(-0.84612535, 0.44880364, -0.28748453), (0.44880324, 0.30901699, -0.83850065), (-0.28748453, -0.8385014, -0.46289164)-28.20327, 43.42206, 52.69227
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27generate(0.80397051, 0.44880364, -0.39013699), (0.54926687, -0.30901699, 0.77641071), (0.22789698, -0.8385014, -0.49495352)-28.20327, 82.25994, 52.69227
28generate(0.39661126, -0.3394659, -0.85291412), (0.33946559, -0.80901699, 0.47984821), (-0.85291412, -0.47984864, -0.20562825)21.33238, 113.68044, 30.15417
29generate(-0.59715095, -0.2773759, -0.75264428), (-0.27737565, -0.80901699, 0.5182219), (-0.75264428, 0.51822236, 0.40616794)17.43058, 113.68044, -32.56561
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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 37524.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (ウイルス)
遺伝子: capsid protein
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q9E2G5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5% PEG8000, 10mM Tris-HCl, 5% glycerol, starting protein concentration in drop 7mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月6日
詳細: 300x300 mm2 active area, ~2.2sec read-time, 4096x4096 of 0.072mm pixels
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 896125 / Num. obs: 338268 / % possible obs: 64.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.291 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique all: 23750 / Rsym value: 0.598 / Χ2: 2.093 / % possible all: 45.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
envelope位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CRYO-ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION

解像度: 2.5→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 6725 1.3 %random
Rwork0.278 ---
all0.278 337569 --
obs0.278 337569 63.4 %-
溶媒の処理Bsol: 17.203 Å2
原子変位パラメータBiso max: 63.44 Å2 / Biso mean: 25.686 Å2 / Biso min: 5.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.124 Å20 Å20 Å2
2---4.377 Å20 Å2
3----1.748 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2396 0 3 159 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.412
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3829 414
Rwork0.3812 -
obs-20378

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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