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- PDB-3n72: Crystal Structure of Aha-1 from plasmodium falciparum, PFC0270w -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n72
タイトルCrystal Structure of Aha-1 from plasmodium falciparum, PFC0270w
要素putative activator of HSP90
キーワードchaperone activator / malaria / structural genomics / heat shock / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ATPase activator activity / protein-folding chaperone binding
類似検索 - 分子機能
Activator of Hsp90 ATPase Aha1, N-terminal domain / Activator of Hsp90 ATPase, N-terminal / Activator of Hsp90 ATPase, Aha1 / Activator of Hsp90 ATPase, N-terminal / Activator of Hsp90 ATPase, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / PFC0270w protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Aha-1 from plasmodium falciparum, PFC0270w
著者: Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, ...著者: Wernimont, A.K. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Sullivan, H. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Bochkarev, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Hui, R. / Pizarro, J.C. / Hills, T.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative activator of HSP90
B: putative activator of HSP90
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3563
ポリマ－39,2982
非ポリマー581
水2,558142
1
B: putative activator of HSP90
ヘテロ分子

A: putative activator of HSP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3563
ポリマ－39,2982
非ポリマー581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
2
A: putative activator of HSP90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6491
ポリマ－19,6491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: putative activator of HSP90
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7072
ポリマ－19,6491
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.709, 63.709, 61.722
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細unknown

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要素

#1: タンパク質 putative activator of HSP90 / PFC0270w protein


分子量: 19649.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PFC0270w / プラスミド: pet15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5a / 参照: UniProt: Q689C6
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM Hepes, 30% PEG 2000 MME, 0.2 M Potassium thiocyanate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT11.5418
回転陽極RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2010年4月19日
RIGAKU SATURN A2002CCD2010年5月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 32.68 / 数: 145886 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.45 / D res high: 1.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 26949 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.885099.410.0564.4425.7
3.884.8810010.0472.6345.7
3.393.8810010.052.2395.6
3.083.3910010.0531.8635.6
2.863.0810010.0591.5885.5
2.692.8610010.0661.445.5
2.552.6910010.0751.3915.5
2.442.5510010.0761.2245.4
2.352.4410010.0781.0975.4
2.272.3510010.0891.1155.4
2.22.2799.910.1111.2845.3
2.132.210010.09715.3
2.082.1310010.1061.045.3
2.032.0810010.1241.0675.3
1.982.0310010.1250.9365.3
1.941.9810010.1441.015.3
1.91.9410010.1721.0095.3
1.861.910010.1730.7525.3
1.831.8610010.1850.7625.3
1.81.8310010.2030.7125.3
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. all: 27299 / Num. obs: 27245 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.347 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1318 / Χ2: 1.229 / % possible all: 96.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.231 / WRfactor Rwork: 0.182 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.834 / SU B: 6.385 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.396 / SU Rfree: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1368 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.191 25909 --
obs0.191 25855 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.12 Å2 / Biso mean: 21.758 Å2 / Biso min: 8.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2393 0 3 142 2538
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.9513465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1695320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.27625.299134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.11715480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8831511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1651.51550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02922484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.26231020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0244.5981
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.56932570
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 105 -
Rwork0.235 1873 -
all-1978 -
obs--98.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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