PDB-3n6y: Crystal structure of an immunoglobulin-like protein (PA1606) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n6y

タイトル

Crystal structure of an immunoglobulin-like protein (PA1606) from PSEUDOMONAS AERUGINOSA at 1.50 A resolution

要素

immunoglobulin-like protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #2390 / Domain of unknown function DUF3859 / Domain of unknown function (DUF3859) / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DUF3859 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an immunoglobulin-like protein (PA1606) from PSEUDOMONAS AERUGINOSA at 1.50 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2010年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n6y.cif.gz	126.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n6y.ent.gz	98.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n6y_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n6y_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	3n6y_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	3n6y_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/3n6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2rjx-d 3due-d 2cy1-d 3i90-d 6edx-d 1cto-d 6if4-d 3ut7-d 3isy-d 6gjw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 416836

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: immunoglobulin-like protein

B: immunoglobulin-like protein

ヘテロ分子

31.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: immunoglobulin-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: immunoglobulin-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.073, 65.341, 53.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	immunoglobulin-like protein 分子量: 15676.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA1606 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9I3B5
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS CONSTRUCT (RESIDUES 23-158) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 23-158) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.200000000M Na2SO4, 20.000000000% PEG-3350, No Buffer pH 6.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97925
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→28.621 Å / Num. obs: 43788 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.951 Å² / R_sym value: 0.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0073	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.3.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→28.621 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.634 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.08
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. SULFATE (SO4) ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	2199	5 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.182	43740	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.25 Å² / B_iso mean: 22.887 Å² / B_iso min: 11.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.32 Å²	0 Å²	-0.32 Å²
2-	-	-1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→28.621 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1930	0	15	374	2319

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.983	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.803	3	3821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.276	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.235	24.779	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.989	15	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.274	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	436

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	157	-
R_work	0.277	3059	-
all	-	3216	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3173	1.1979	3.2233	1.0796	2.0035	5.3492	-0.0432	-0.2446	0.1692	0.035	-0.1351	0.1417	-0.2129	-0.4132	0.1782	0.0784	0.0177	0.006	0.1206	-0.0025	0.1242	21.9424	19.1807	37.9207
2	29.4165	20.0528	10.8253	37.2457	21.5346	16.6421	-0.5188	2.0543	1.6017	-1.7761	0.2543	-0.0335	-1.2805	1.534	0.2644	0.2776	-0.0322	0.0017	0.7069	0.29	0.2819	22.668	23.887	18.9523
3	0.3566	0.1483	0.139	1.1099	0.0495	1.0499	0.0394	0.0113	0.0638	-0.0021	-0.0312	0.0267	-0.037	-0.0566	-0.0081	0.0082	0.0125	0.0111	0.0751	0.0098	0.0665	24.3347	10.9297	28.8881
4	0.2822	0.2089	0.2331	0.8549	0.1535	1.3232	0.0344	0.0091	0.0147	-0.0507	-0.0189	-0.0279	0.0339	0.0274	-0.0155	0.0133	0.0109	0.0034	0.069	0.0011	0.0693	26.4475	6.7586	28.4051
5	1.265	-0.1255	1.8565	0.6728	-0.7905	6.8637	0.0768	-0.1224	0.0287	-0.0059	-0.0406	0.0985	-0.0609	-0.4049	-0.0362	0.0244	0.0088	0.0117	0.0832	0.0084	0.0879	18.0304	8.1378	33.4761
6	25.2868	-13.523	-7.9805	7.234	4.2674	2.5198	0.6103	1.3161	0.0591	-0.2833	-0.6456	-0.0389	-0.1864	-0.4068	0.0353	0.2493	0.0525	0.0192	0.2482	-0.0109	0.2036	34.5318	-19.3174	27.3081
7	1.7831	-0.5783	-1.024	2.4676	0.9134	2.1578	-0.0044	-0.0638	-0.1551	0.1305	-0.0203	0.0995	0.2392	-0.0552	0.0248	0.0592	-0.043	-0.0188	0.0734	0.0195	0.0827	15.6802	-16.7711	45.2254
8	0.5114	-0.7658	-0.7677	2.3589	0.4206	1.7081	0.0229	-0.0188	0.0538	0.0694	-0.0136	-0.1562	0.0306	0.0562	-0.0094	0.1094	-0.0128	-0.0095	0.1074	-0.0101	0.1049	26.4672	-4.8388	43.1132
9	2.5992	-2.2649	0.658	12.3062	1.2254	0.4815	0.0547	-0.2117	0.0642	0.2804	-0.0231	-0.4372	0.0693	-0.0902	-0.0316	0.1474	0.0475	-0.0088	0.1315	0.0007	0.0945	33.5775	-16.7083	41.0919
10	0.6644	-0.1466	-0.4919	0.8963	-0.3918	1.6806	0.0316	0.0398	-0.0037	0.0607	0.0305	0.0708	0.0491	-0.1303	-0.0621	0.023	-0.0158	-0.0018	0.053	0.0006	0.0621	18.8751	-6.9859	43.1604

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	39 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	104 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	146 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 28
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	29 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	78 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	111 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	121 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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