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- PDB-3n6s: Crystal structure of human mitochondrial mTERF in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n6s
タイトルCrystal structure of human mitochondrial mTERF in complex with a 15-mer DNA encompassing the tRNALeu(UUR) binding sequence
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')
  • Transcription termination factor, mitochondrial
キーワードTRANSCRIPTION / REPLICATION/DNA / Mitochondrial transcription termination factor-DNA complex / mitochondrial replication pausing-DNA complex / left-handed helical tandem repeat / Protein-DNA complex / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of mitochondrial transcription / Mitochondrial transcription termination / DNA geometric change / mitochondrial nucleoid / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated transcription termination / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial termination factor repeats / Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic / MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic / mTERF
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription termination factor 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Rubio-Cosials, A. / Arnan, C. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Bernado, P. / Coll, M. / Uson, I. / Sola, M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Human mitochondrial mTERF wraps around DNA through a left-handed superhelical tandem repeat.
著者: Jimenez-Menendez, N. / Fernandez-Millan, P. / Rubio-Cosials, A. / Arnan, C. / Montoya, J. / Jacobs, H.T. / Bernado, P. / Coll, M. / Uson, I. / Sola, M.
履歴
登録2010年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription termination factor, mitochondrial
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8303
ポリマ－49,8303
非ポリマー00
水00
1
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')

A: Transcription termination factor, mitochondrial
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0115
ポリマ－59,0115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_654-x+y+1,-x,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22990 Å2
手法PISA
3
A: Transcription termination factor, mitochondrial

B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8303
ポリマ－49,8303
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.244, 83.244, 171.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcription termination factor, mitochondrial / Mitochondrial transcription termination factor 1 / mTERF


分子量: 40649.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTERF / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99551
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4635.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*TP*CP*TP*GP*CP*CP*A)-3')


分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.34 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→44.85 Å / Num. all: 12704 / Num. obs: 12704

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→44.85 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2869 486 3.83 %
Rwork0.237 --
obs0.2388 12704 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.388 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1317 Å2-0 Å2-0 Å2
2--5.1317 Å2-0 Å2
3----10.2635 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2774 609 0 0 3383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9024885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.311372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003541
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.54860.33221570.27653989X-RAY DIFFRACTION97
3.5486-4.47030.29131720.23094047X-RAY DIFFRACTION98
4.4703-44.850.26911570.22764182X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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