+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n6i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of BlaC-E166A covalently bound with 6-aminopenicillian | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | Hydrolase/Antibiotic / penicillin binding protein / beta-lactam covalent adduct / Hydrolase-Antibiotic complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure Activity Relationship of BlaC with all classes of beta-lactams 著者: Tremblay, L.W. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 49.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3dwzS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28214.689 Da / 分子数: 1 / 変異: E182A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-XD1 / ( | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 2 M NH4H2PO4, pH 7.5, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) Channel Cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 17985 / Num. obs: 17985 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 3.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2575 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3DWZ 解像度: 2→37.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.004 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 45.38 Å2 / Biso mean: 7.444 Å2 / Biso min: 2 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→37.73 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
|