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万見
- PDB-3n5u: Crystal structure of an Rb C-terminal peptide bound to the cataly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n5u
タイトルCrystal structure of an Rb C-terminal peptide bound to the catalytic subunit of PP1
要素
  • Retinoblastoma-associated protein
  • Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
キーワードHYDROLASE / TRANSCRIPTION REGULATION / Retinoblastoma / pRb / Rb / protein phosphatase-1 / PP1 / phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / regulation of glycogen catabolic process ...Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / sister chromatid biorientation / PTW/PP1 phosphatase complex / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / protein phosphatase type 1 complex / RNA polymerase II promoter clearance / glycogen granule / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / positive regulation of extracellular matrix organization / protein phosphatase 1 binding / : / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / positive regulation of macrophage differentiation / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / glial cell apoptotic process / regulation of translational initiation in response to stress / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / importin-alpha family protein binding / neuron maturation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / myoblast differentiation / digestive tract development / aortic valve morphogenesis / dephosphorylation / Replication of the SARS-CoV-1 genome / regulation of canonical Wnt signaling pathway / SWI/SNF complex / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of glial cell proliferation / smoothened signaling pathway / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / glycogen metabolic process / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein-serine/threonine phosphatase / hepatocyte apoptotic process / branching morphogenesis of an epithelial tube / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / Triglyceride catabolism / entrainment of circadian clock by photoperiod / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Maturation of hRSV A proteins / protein serine/threonine phosphatase activity / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / phosphatase activity / negative regulation of cell cycle / telomere maintenance in response to DNA damage / phosphoprotein phosphatase activity / skeletal muscle cell differentiation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transition metal ion binding / DARPP-32 events / chondrocyte differentiation / positive regulation of glycogen biosynthetic process / chromosome organization / ribonucleoprotein complex binding / glial cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / negative regulation of protein kinase activity / protein dephosphorylation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / striated muscle cell differentiation / lung development / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / epithelial cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / adherens junction / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / phosphoprotein binding / Oncogene Induced Senescence / circadian regulation of gene expression / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth / PML body / response to lead ion / negative regulation of inflammatory response / Cyclin D associated events in G1 / spindle / kinase binding
類似検索 - 分子機能
Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) ...Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Retinoblastoma-associated protein / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hirschi, A.M. / Cecchini, M. / Steinhardt, R.C. / Dick, F.A. / Rubin, S.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: An overlapping kinase and phosphatase docking site regulates activity of the retinoblastoma protein.
著者: Hirschi, A. / Cecchini, M. / Steinhardt, R.C. / Schamber, M.R. / Dick, F.A. / Rubin, S.M.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
B: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: Retinoblastoma-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5669
ポリマ－70,2763
非ポリマー2916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit
C: Retinoblastoma-associated protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0515
ポリマ－35,9052
非ポリマー1453
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area12710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.946, 92.946, 192.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 7 - 300 / Label seq-ID: 7 - 300

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain A and (resseq 7:300 )AA
2chain B and (resseq 7:300 )BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.386983, 0.921948, -0.016028), (0.921479, 0.386038, -0.043035), (-0.033489, -0.031423, -0.998945)
ベクター: 65.742104, -42.630001, 43.0872)

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit / PP-1A


分子量: 34370.359 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP1A, PPP1CA / プラスミド: pFLAG-CTS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Retinoblastoma-associated protein / pRb / Rb / pp110 / p105-Rb


分子量: 1534.842 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 870-882 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic 13-mer peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06400
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES, 200mM MgCl2, 18% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月25日
放射モノクロメーター: ASSYMETRIC CURVED CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→83 Å / Num. obs: 13588

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→83 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 2.45 / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 1358 9.99 %
Rwork0.221 --
obs0.225 13588 93.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.556 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 156.86 Å2 / Biso mean: 53.969 Å2 / Biso min: 27.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.062 Å20 Å2-0 Å2
2--16.062 Å20 Å2
3----32.123 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4792 0 6 0 4798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7896616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058709
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9181809
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2364X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
12B2364X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.3140.3121230.2751073119685
3.314-3.4470.2971320.2581153128590
3.447-3.6040.2741370.2441131126891
3.604-3.7940.2821280.2461210133893
3.794-4.0320.2831340.2231218135293
4.032-4.3430.2371570.1991207136495
4.343-4.780.2451360.1951251138796
4.78-5.4720.2491260.2131286141295
5.472-6.8930.2831450.2221288143396
6.893-83.7190.2041400.1941413155397

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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