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- PDB-3n5f: Crystal Structure of L-N-carbamoylase from Geobacillus stearother... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n5f
タイトルCrystal Structure of L-N-carbamoylase from Geobacillus stearothermophilus CECT43
要素N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase
キーワードHYDROLASE / Carbamoylase / hinge domain / M20 peptidase family / evolution / binding residue / dimerization domain
機能・相同性
機能・相同性情報


N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / cobalt ion binding / manganese ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits ...Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / : / ISOPROPYL ALCOHOL / N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Mutational and structural analysis of L-N-carbamoylase reveals new insights into a peptidase m20/m25/m40 family member.
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Garcia-Pino, A. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Garcia-Ruiz, J.M. / Loris, R. / Gavira, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of the recombinant L-N-carbamoylase from Geobacillus stearothermophilus CECT43.
著者: Martinez-Rodriguez, S. / Garcia-Pino, A. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Loris, R. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32012年11月14日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase
B: N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7167
ポリマ－88,3412
非ポリマー3755
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.208, 211.683, 43.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase / L-carbamoylase


分子量: 44170.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: CECT43 / 遺伝子: amaB / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53389, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15 % iso-propanol, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 0.6 M trisodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: Kappa configuration
放射モノクロメーター: Montel Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→73.89 Å / Num. all: 25512 / Num. obs: 25512 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.26 % / Rmerge(I) obs: 0.1238 / Rsym value: 0.1238 / Net I/σ(I): 15.05
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.92 % / Rmerge(I) obs: 0.2578 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Rsym value: 0.2578 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
SAINTデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Z2L

1z2l


解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 13.946 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27579 1271 5.1 %RANDOM
Rwork0.19266 ---
obs0.1968 23771 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.82 Å20 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5993 0 15 128 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226201
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5561.968450
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8523.457243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.07115979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8741546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6041.54051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07526485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58132150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6954.51956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 87 -
Rwork0.273 1495 -
obs--87.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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