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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n5f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of L-N-carbamoylase from Geobacillus stearothermophilus CECT43 | ||||||
要素 | N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Carbamoylase / hinge domain / M20 peptidase family / evolution / binding residue / dimerization domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase / N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / cobalt ion binding / manganese ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Garcia-Pino, A. / Martinez-Rodriguez, S. / Gavira, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012 タイトル: Mutational and structural analysis of L-N-carbamoylase reveals new insights into a peptidase m20/m25/m40 family member. 著者: Martinez-Rodriguez, S. / Garcia-Pino, A. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Garcia-Ruiz, J.M. / Loris, R. / Gavira, J.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic studies of the recombinant L-N-carbamoylase from Geobacillus stearothermophilus CECT43. 著者: Martinez-Rodriguez, S. / Garcia-Pino, A. / Las Heras-Vazquez, F.J. / Clemente-Jimenez, J.M. / Rodriguez-Vico, F. / Loris, R. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n5f.cif.gz | 163.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n5f.ent.gz | 128.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n5f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3n5f_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3n5f_full_validation.pdf.gz | 474 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3n5f_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3n5f_validation.cif.gz | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1z2lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44170.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 株: CECT43 / 遺伝子: amaB / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53389, N-carbamoyl-L-amino-acid hydrolase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CAC / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 15 % iso-propanol, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 0.6 M trisodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月3日 / 詳細: Kappa configuration |
放射 | モノクロメーター: Montel Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→73.89 Å / Num. all: 25512 / Num. obs: 25512 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.26 % / Rmerge(I) obs: 0.1238 / Rsym value: 0.1238 / Net I/σ(I): 15.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 3.92 % / Rmerge(I) obs: 0.2578 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Rsym value: 0.2578 / % possible all: 91.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1Z2L 解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 13.946 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.701 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
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