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- PDB-3n5a: Synaptotagmin-7, C2B-domain, calcium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n5a
タイトルSynaptotagmin-7, C2B-domain, calcium bound
要素Synaptotagmin-7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / synaptic vesicle recycling / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / short-term synaptic potentiation / regulation of bone remodeling / dense core granule / regulation of calcium ion-dependent exocytosis ...calcium ion regulated lysosome exocytosis / vesicle-mediated cholesterol transport / regulation of glucagon secretion / phagosome-lysosome fusion / synaptic vesicle recycling / calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / short-term synaptic potentiation / regulation of bone remodeling / dense core granule / regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / calcium ion-regulated exocytosis of neurotransmitter / vesicle fusion / calcium-ion regulated exocytosis / plasma membrane repair / regulation of phagocytosis / early phagosome / calcium-dependent phospholipid binding / peroxisomal membrane / syntaxin binding / regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin binding / regulation of dopamine secretion / phosphatidylserine binding / phagocytosis / GABA-ergic synapse / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / axon terminus / regulation of insulin secretion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / SNARE binding / synaptic vesicle membrane / phagocytic vesicle membrane / peroxisome / synaptic vesicle / presynaptic membrane / lysosome / calmodulin binding / lysosomal membrane / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / calcium ion binding / synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptotagmin 7, C2A domain / Synaptotagmin 7, C2B domain / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like ...Synaptotagmin 7, C2A domain / Synaptotagmin 7, C2B domain / Synaptotagmin / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.441 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Craig, T.K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Structural and mutational analysis of functional differentiation between synaptotagmins-1 and -7.
著者: Xue, M. / Craig, T.K. / Shin, O.H. / Li, L. / Brautigam, C.A. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rosenmund, C. / Rizo, J.
履歴
登録2010年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptotagmin-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1165
ポリマ－15,9561
非ポリマー1604
水3,297183
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.598, 44.892, 87.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Synaptotagmin-7 / Synaptotagmin VII / SytVII


分子量: 15955.729 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain residues 266-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Syt7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9R0N7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Hepes pH 6.5, 0.05 M NaCl, 0.02 M CaCl2, 1 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.0148 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0148 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→43.7 Å / Num. all: 25581 / Num. obs: 25581 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1158 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TJM

1tjm


解像度: 1.441→23.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.909 / SU ML: 0.14 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 15.01 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Hydrogens were added in the riding positions.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 1310 5.13 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.161 25550 --
obs0.161 25550 98.11 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.201 Å2 / ksol: 0.505 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 82.1 Å2 / Biso mean: 17.529 Å2 / Biso min: 2.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.968 Å20 Å2-0 Å2
2--0.013 Å20 Å2
3----2.98 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.441→23.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 4 183 1307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0211300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.341788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.753504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.441-1.4990.241430.19325382681268194
1.499-1.5670.2111460.16226152761276198
1.567-1.6490.1821480.14926412789278998
1.649-1.7530.1661290.13726772806280698
1.753-1.8880.151440.13426942838283899
1.888-2.0780.1371450.12426842829282999
2.078-2.3780.1331550.13527432898289899
2.378-2.9950.1981430.15527692912291299
2.995-23.5130.1931570.17728793036303699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47850.0960.3608-0.0046-0.02430.2145-0.01970.07950.0044-0.0101-0.02380.0052-0.12620.0346-0.00910.0781-0.00450.00810.0770.01080.071411.370229.196-11.2147
20.0214-0.0498-0.01150.02810.03460.07-0.0202-0.0405-0.00030.03210.07630.0453-0.0256-0.03020.01540.07240.00230.00470.07050.0110.086110.578523.6067.1135
30.0738-0.1107-0.04860.09070.04670.0282-0.02280.0152-0.04820.02830.0478-0.03220.10.10470.00050.09410.00770.00040.08330.00410.079516.25119.60776.7458
40.1203-0.01810.0050.04680.02360.0340.01320.1681-0.3491-0.09060.1551-0.12510.19770.32180.00240.1169-0.0005-0.00360.1365-0.03540.120314.407714.6007-15.0478
50.1067-0.08750.00530.07930.0860.0707-0.00270.1431-0.00590.17640.0211-0.10610.28770.0347-0.00570.0896-0.0116-0.01520.1309-0.00030.091120.734223.09243.3086
60.2158-0.15640.08860.1171-0.03220.0391-0.01340.0770.00090.02290.0071-0.00520.0007-0.0005-00.063-0.0117-0.00360.0729-0.00140.068717.07429.1714-1.3286
70.0058-0.00850.0021-0.00030.00430.0111-0.0321-0.07960.1088-0.12810.1713-0.05050.12290.40370.00020.1374-0.0031-0.01890.1693-0.01840.098713.419623.7213-23.7959
80.00680.01640.00230.0117-0.0040.04740.08960.13470.0944-0.2382-0.06020.2938-0.1532-0.33930.00390.1260.0157-0.04240.16090.0070.08666.781919.6766-20.4436
9-0.02130.03060.03040.0356-0.03010.0389-0.01730.0976-0.089-0.0214-0.0059-0.07390.0530.1132-0.00290.09410.0056-0.00610.07680.00490.096314.753917.83840.3216
100.07110.0009-0.06460.0502-0.0550.0570.080.1075-0.0749-0.0625-0.0196-0.01160.17880.0449-0.00090.09110.0138-0.01280.07950.00120.105616.495311.86385.4772
110.0839-0.025-0.02230.09410.04460.01570.1463-0.1454-0.154-0.06860.01210.06710.192-0.13750.00930.0718-0.0111-0.01740.10980.00870.12311.832821.5448-11.0104
120.93020.043-0.3370.1189-0.15570.34030.016-0.0664-0.182-0.0927-0.15090.137-0.2252-0.0751-0.0120.05930.0293-0.00340.0403-0.01740.05623.214131.2907-15.3215
130.21040.17050.01951.29430.08470.3523-0.07580.0405-0.0058-0.11080.15810.18490.0084-0.2203-0.16120.0235-0.00590.00020.0310.01120.04435.755530.4758-6.3074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 266:286)A266 - 286
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 287:297)A287 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 298:308)A298 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 309:318)A309 - 318
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 319:328)A319 - 328
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 329:339)A329 - 339
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 340:345)A340 - 345
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 346:350)A346 - 350
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 351:359)A351 - 359
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 360:369)A360 - 369
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 370:381)A370 - 381
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 382:391)A382 - 391
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 392:403)A392 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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