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- PDB-3n54: Crystal Structure of the GerBC protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n54
タイトルCrystal Structure of the GerBC protein
要素Spore germination protein B3
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / a novel fold
機能・相同性
機能・相同性情報


spore germination / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nutrient germinant receptor protein C, domain 3 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Nutrient germinant receptor protein C, domain 1 / Spore germination GerAC / Spore germination GerAC, C-terminal domain superfamily / : / Spore germination B3/ GerAC like, C-terminal / Other non-globular / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Special ...Nutrient germinant receptor protein C, domain 3 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Nutrient germinant receptor protein C, domain 1 / Spore germination GerAC / Spore germination GerAC, C-terminal domain superfamily / : / Spore germination B3/ GerAC like, C-terminal / Other non-globular / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Special / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spore germination protein B3
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, Y. / Setlow, B. / Setlow, P. / Hao, B.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the GerBC Component of a Bacillus subtilis Spore Germinant Receptor.
著者: Li, Y. / Setlow, B. / Setlow, P. / Hao, B.
履歴
登録2010年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Spore germination protein B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,97219
ポリマ－39,7881
非ポリマー1,18418
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spore germination protein B3
ヘテロ分子

B: Spore germination protein B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,94338
ポリマ－79,5762
非ポリマー2,36736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_454y-2/3,x+2/3,-z-1/31
Buried area11920 Å2
ΔGint-381 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
3
B: Spore germination protein B3
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,830114
ポリマ－238,7286
非ポリマー7,102108
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation16_454y-2/3,x+2/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_554x-y+1/3,-y+2/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area53150 Å2
ΔGint-1352 kcal/mol
Surface area82100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.785, 142.785, 187.827
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-5-

SO4

21B-8-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Spore germination protein B3


分子量: 39788.031 Da / 分子数: 1 / 断片: GerBC, residues 25-374 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU35820, gerBC / プラスミド: a modified pET15b vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39571
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 1.5-1.7 M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 33056 / Num. obs: 33056 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 45.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 21.3 % / Rmerge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.84 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 10.338 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.163
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23508 1654 5 %RANDOM
Rwork0.21861 ---
obs0.21944 31175 99.87 %-
all-31175 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 54 178 2740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1531.9713497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77834359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0485307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.87324.75120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.80515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2441512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5181.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0621.5629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.97922503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08731051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8734.5994
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 121 -
Rwork0.286 2265 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.3609-2.2938-4.6733.6373.176.42390.0338-0.2027-0.1072-0.09150.0757-0.10150.1721-0.0737-0.10950.07960.0116-0.07430.0595-0.00730.0216-84.409524.2647-39.8635
22.2352-1.0351.62141.288-0.4261.8593-0.0239-0.28390.0030.1582-0.0158-0.04590.1522-0.13240.03980.1951-0.02540.03720.09580.04550.0653-73.172621.2654-18.6662
32.99221.2235-0.47927.5125-2.23854.24790.0621-0.3832-0.09490.6601-0.1157-0.1403-0.1105-0.27460.05360.18810.0064-0.01760.1190.12580.04-65.320414.4488-5.6733
43.67760.7534-1.675.5702-3.69884.93140.1697-0.18370.09921.0809-0.8186-1.163-0.56540.79210.64890.2962-0.1492-0.27560.10040.26730.3839-52.299412.65542.4542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B0 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2B69 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3B147 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4B226 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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