PDB-3n51: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n51

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with bumped kinase inhibitor RM-1-95

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / bumped kinase inhibitor / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa / MSGPP / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa (MSGPP)

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii.
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / ...

履歴

登録	2010年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n51.cif.gz	200.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n51.ent.gz	160 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3n51_validation.pdf.gz	775.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n51_full_validation.pdf.gz	779 KB	表示
XML形式データ	3n51_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	3n51_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n51 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n51	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwuC 3ncgC 3i7bS 3i79 3i7c C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3t3u-d 3sxf-d 4m97-d 3nyv-d 7ear-d 3ku2-d 4m84-d 1au7-d 3fbs-1 4tzr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.523, 72.754, 66.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: TgCDPK1, residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a 3C cleavable His-tag and linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK3 / 3-(naphthalen-1-ylmethyl)-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 372.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₆
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 24% PEG 3350, 0.25 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-95; cryoprotected by quick dip into well soln + final conc. (4.5% SGPP buffer, 9% ethylene glycol, 2 mM RM-1-95), pH 6.5, VAPOR ...詳細: 24% PEG 3350, 0.25 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-95; cryoprotected by quick dip into well soln + final conc. (4.5% SGPP buffer, 9% ethylene glycol, 2 mM RM-1-95), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.76 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24% PEG 3350, 0.25 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-95; cryoprotected by quick dip into well soln + final conc. (4.5% SGPP buffer, 9% ethylene glycol, 2 mM RM-1-95), pH 6.5, VAPOR ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射	モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26020 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 41.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Χ²: 1.002 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 2590 / Χ²: 0.989 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3i7b

3i7b

解像度: 2.1→39.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.234 / WR_factor R_work: 0.186 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 11.388 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1325	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.196	26002	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.81 Å² / B_iso mean: 50.291 Å² / B_iso min: 21.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0.87 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3613	0	36	93	3742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.98	5072
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.801	3.002	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.182	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.67	24.835	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.053	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.377	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.754	4	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.544	4	922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.747	6	3634
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.509	6	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.099	10	1430

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.339	107	0.262	1785	1911	99.006
2.155-2.214	0.285	89	0.224	1770	1860	99.946
2.214-2.278	0.292	76	0.22	1763	1842	99.837
2.278-2.348	0.258	78	0.191	1673	1751	100
2.348-2.424	0.242	83	0.206	1613	1696	100
2.424-2.509	0.261	75	0.213	1578	1653	100
2.509-2.603	0.274	75	0.202	1496	1572	99.936
2.603-2.709	0.284	73	0.197	1457	1530	100
2.709-2.829	0.228	80	0.184	1411	1492	99.933
2.829-2.966	0.214	66	0.171	1330	1397	99.928
2.966-3.126	0.263	64	0.196	1283	1347	100
3.126-3.314	0.258	58	0.197	1209	1268	99.921
3.314-3.541	0.249	77	0.197	1116	1193	100
3.541-3.822	0.246	56	0.184	1072	1128	100
3.822-4.183	0.231	68	0.171	961	1029	100
4.183-4.67	0.184	60	0.162	879	940	99.894
4.67-5.38	0.267	51	0.192	778	831	99.759
5.38-6.559	0.221	38	0.215	670	710	99.718
6.559-9.15	0.212	29	0.189	522	551	100
9.15-39.451	0.194	22	0.189	311	333	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2186	-1.2264	1.5101	2.5579	-2.5473	5.9967	-0.1762	-0.1628	0.3426	0.4186	0.0313	-0.1502	-0.6629	0.0648	0.1448	0.1615	0.0008	-0.0354	0.0194	-0.0018	0.0858	17.5229	16.3352	73.2996
2	0.372	-0.5029	-0.4472	2.5074	-1.126	3.2272	-0.0923	-0.1102	-0.1077	0.2308	0.0676	0.1989	-0.0951	-0.2092	0.0247	0.0828	0.0594	0.0065	0.2026	0.0361	0.0773	10.2022	12.0786	68.2295
3	1.8289	-0.1304	0.0929	1.7941	-0.9652	1.9141	0.1093	-0.0111	-0.0273	-0.0833	-0.184	-0.0841	0.1403	0.2753	0.0748	0.1263	0.0383	-0.0042	0.1052	0.0144	0.1172	17.2045	15.3831	52.6989
4	2.0004	-0.5808	0.1053	2.0994	-0.0968	1.9115	0.0984	0.2397	-0.0227	-0.3977	-0.1207	0.0477	0.1705	0.1922	0.0224	0.1009	0.0434	-0.0256	0.0956	-0.0039	0.043	11.6856	21.8815	40.8204
5	1.1564	-0.022	0.6316	5.9801	3.81	5.5212	0.0187	0.2523	-0.1491	0.1437	-0.1049	0.1601	0.3535	0.16	0.0862	0.0376	0.0492	0.0333	0.2279	0.0258	0.1447	28.3339	22.4921	48.6979
6	7.8035	-4.2935	-1.2487	9.4151	1.2838	4.6954	0.3026	0.4291	-0.4989	0.2772	-0.34	0.3355	0.0352	-0.5342	0.0375	0.1734	-0.02	0.0017	0.0859	-0.0389	0.0515	37.307	30.7042	86.9523
7	8.5522	-5.9557	-0.0205	4.6317	-1.6627	5.9226	1.1363	1.0301	0.1546	-0.9087	-0.8369	-0.046	0.4528	0.4937	-0.2994	0.3546	0.1821	-0.0284	0.2161	-0.0463	0.0813	43.491	30.9201	83.8672
8	3.3288	-0.9421	-0.9048	3.6165	0.645	3.2787	-0.0215	-0.0438	0.161	0.1723	0.2474	0.0671	-0.1738	-0.0899	-0.2259	0.0439	0.0247	-0.0203	0.0879	0.0401	0.1055	35.8835	37.9198	54.4131

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	214 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	314 - 353
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	354 - 416
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	417 - 435
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	436 - 507

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