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- PDB-3n50: Human Early B-cell factor 3 (EBF3) IPT/TIG and HLHLH domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n50
タイトルHuman Early B-cell factor 3 (EBF3) IPT/TIG and HLHLH domains
要素Transcription factor COE3
キーワードTRANSCRIPTION / Beta-barrel / helix-loop-helix-loop-helix / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #4280 / Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. ...Helix Hairpins - #4280 / Transcription factor COE / Transcription factor COE, conserved site / Transcription factor COE, DNA-binding domain / Transcription factor COE, helix-loop-helix domain / Transcription factor COE, IPT domain / Transcription factor COE, DNA-binding domain superfamily / Transcription factor COE1 DNA-binding domain / Transcription factor COE1 helix-loop-helix domain / COE family signature. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor COE3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Lehtio, L. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. ...Lehtio, L. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Schuler, H. / Schutz, P. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Wahlberg, E. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Berglund, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural Determination of Functional Domains in Early B-cell Factor (EBF) Family of Transcription Factors Reveals Similarities to Rel DNA-binding Proteins and a Novel Dimerization Motif.
著者: Siponen, M.I. / Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Johansson, I. / Svensson, L. / Raszewski, G. / Nilsson, L. / Sigvardsson, M. / Berglund, H.
履歴
登録2010年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor COE3
B: Transcription factor COE3
C: Transcription factor COE3
D: Transcription factor COE3
E: Transcription factor COE3
F: Transcription factor COE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2956
ポリマ－105,2956
非ポリマー00
水00
1
A: Transcription factor COE3
B: Transcription factor COE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0982
ポリマ－35,0982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
2
C: Transcription factor COE3
D: Transcription factor COE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0982
ポリマ－35,0982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
3
E: Transcription factor COE3
F: Transcription factor COE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0982
ポリマ－35,0982
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
4
A: Transcription factor COE3
B: Transcription factor COE3

E: Transcription factor COE3
F: Transcription factor COE3

C: Transcription factor COE3
D: Transcription factor COE3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2956
ポリマ－105,2956
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation24_455-y-1/2,-z+1/2,x+1/21
Buried area18800 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area41150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.640, 229.640, 229.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質
Transcription factor COE3 / Early B-cell factor 3 / EBF-3 / Olf-1/EBF-like 2 / O/E-2 / OE-2


分子量: 17549.248 Da / 分子数: 6 / 断片: IPT/TIG and HLHLH domains (UNP residues 250-406) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COE3, DKFZp667I0324, EBF3, HLA-DQB1 / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 pRARE / 参照: UniProt: Q9H4W6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 2.9M sodium chloride 0.1M BTP, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: X-flash / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 36262 / Num. obs: 36262 / % possible obs: 20 % / Observed criterion σ(F): 0.06 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル最高解像度: 3.1 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.55 / Num. unique all: 2695 / Rsym value: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MQI

3mqi


解像度: 3.102→19.838 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2269 2001 5.53 %Random
Rwork0.1883 ---
obs0.1904 36182 99.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.438 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→19.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6892 0 0 0 6892
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057067
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8379626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1362587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.102-3.17880.28281440.28172419X-RAY DIFFRACTION100
3.1788-3.26440.29751420.27812442X-RAY DIFFRACTION100
3.2644-3.360.34371410.25182425X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.46790.3161410.24862445X-RAY DIFFRACTION100
3.4679-3.59110.27791420.24462428X-RAY DIFFRACTION100
3.5911-3.7340.28611470.21762429X-RAY DIFFRACTION100
3.734-3.90270.24481410.19052455X-RAY DIFFRACTION100
3.9027-4.10680.21751380.17972433X-RAY DIFFRACTION100
4.1068-4.36150.17121420.16012440X-RAY DIFFRACTION100
4.3615-4.69420.18711470.14762454X-RAY DIFFRACTION100
4.6942-5.1590.19661420.15342447X-RAY DIFFRACTION100
5.159-5.88840.20251460.15512449X-RAY DIFFRACTION99
5.8884-7.35530.23081470.18342443X-RAY DIFFRACTION99
7.3553-19.83830.19121410.15822472X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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