PDB-3n4t: apo APH(2")-IVa form I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n4t

タイトル

apo APH(2")-IVa form I

要素

APH(2'')-Id

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / aminoglycoside / phosphotransferase / resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus casseliflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Smith, C.A. / Toth, M. / Frase, H. / Vakulenko, S.B.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure and kinetic mechanism of aminoglycoside phosphotransferase-2''-IVa.
著者: Toth, M. / Frase, H. / Antunes, N.T. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B.

履歴

登録	2010年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n4t.cif.gz	136.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n4t.ent.gz	107.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n4t_validation.pdf.gz	422.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n4t_full_validation.pdf.gz	427.2 KB	表示
XML形式データ	3n4t_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	3n4t_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n4uC 3n4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c4k-1 5c4l-1 5c4k-2 6cd7-1 4dfb-1 4dt8-1 4dtb-1 4dt9-1 6cd7-2 4de4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2)

登録構造単位

A: APH(2'')-Id

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.060, 63.610, 101.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	APH(2'')-Id 分子量: 35425.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア) 遺伝子: aph(2'')-Id / 参照: UniProt: O68183
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.99 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→29.8 Å / Num. all: 16673 / Num. obs: 16673 / % possible obs: 97.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→29.8 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	834	5 %
R_work	0.187	-	-
obs	0.1899	16670	97.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.156 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.9073 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-5.5461 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.3612 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2461	0	0	136	2597

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	3396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.216	944
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	439

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.3378	0.3391	135	0.239	2575	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3378-2.5183	0.3227	139	0.2112	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5183-2.7715	0.2952	139	0.2069	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7715-3.1722	0.2885	140	0.1983	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1722-3.9951	0.2202	139	0.1688	2649	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9951-29.8369	0.1885	142	0.1555	2681	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.252	0.8577	-0.6678	0.772	-0.2112	1.4727	-0.0614	-0.127	-0.0234	-0.2387	0.0388	-0.031	0.4095	0.1908	-0	0.2521	0.0728	0.0266	0.2192	0.0089	0.1635	6.0944	6.3703	-37.0126
2	0.33	0.3382	0.0659	1.0856	0.5926	1.2814	-0.1033	0.0202	0.1126	-0.1852	0.1521	0.1155	0.1237	-0.0316	-0.0001	0.132	-0.038	-0.0501	0.2321	0.0545	0.343	-13.9058	5.7664	-26.15
3	0.453	0.1054	0.4088	0.7886	0.1683	0.3471	-0.0179	-0.0352	-0.0583	0.3378	0.0814	-0.1038	0.0254	0.052	-0	0.4015	0.0545	-0.0621	0.2955	-0.0048	0.2614	3.3327	1.1574	-1.934
4	0.8634	0.2365	0.251	1.4097	-0.2492	1.6341	-0.07	0.0639	0.1912	0.0886	0.0998	0.1395	-0.0553	0.0212	0	0.1595	0.0014	0.0191	0.2296	0.0209	0.2877	-12.7728	7.7176	-22.652
5	0.9482	-0.2425	0.5601	0.2377	-0.1325	0.3305	-0.1939	-0.1162	0.1855	0.2895	0.0891	-0.073	-0.3201	-0.0122	0	0.4623	0.0317	-0.022	0.2804	0.0028	0.3275	1.1173	10.3221	-8.6641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 100:145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 146:189
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 190:255
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 256:297

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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