[日本語] English
万見
- PDB-3n4r: Structure of Csm1 C-terminal domain, R3 form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4r
タイトルStructure of Csm1 C-terminal domain, R3 form
要素Monopolin complex subunit CSM1
キーワードREPLICATION / meiosis / rDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation ...microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle / nuclear envelope / nucleolus / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Monopolin complex subunit CSM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Corbett, K.D. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: The Monopolin Complex Crosslinks Kinetochore Components to Regulate Chromosome-Microtubule Attachments.
著者: Corbett, K.D. / Yip, C.K. / Ee, L.S. / Walz, T. / Amon, A. / Harrison, S.C.
履歴
登録2010年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,76111
ポリマ－53,5024
非ポリマー1,2597
水1,42379
1
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4326
ポリマ－26,7512
非ポリマー6814
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10150 Å2
手法PISA
2
C: Monopolin complex subunit CSM1
D: Monopolin complex subunit CSM1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3305
ポリマ－26,7512
非ポリマー5793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.470, 72.470, 267.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Monopolin complex subunit CSM1 / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 13375.534 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (residues 69-181) / 変異: L157M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: P25651
#2: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4
詳細: 2.0 M Sodium malonate pH 6.4, 2% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97182 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: cryogenically-cooled 220 silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97182 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 16079 / Num. obs: 16079 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 66.1 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 3218 / Rsym value: 0.553 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.602→45.755 Å / SU ML: 1.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 805 5.01 %random
Rwork0.2211 ---
obs0.2222 16063 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 86.235 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.2981 Å2-0 Å2-0 Å2
2--8.2981 Å20 Å2
3----19.464 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→45.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3057 0 85 79 3221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033195
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6834284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9171139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002527
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.602-2.76460.34111330.29992525X-RAY DIFFRACTION100
2.7646-2.9780.33671460.27182541X-RAY DIFFRACTION100
2.978-3.27770.31721240.25932567X-RAY DIFFRACTION100
3.2777-3.75180.23631250.2252537X-RAY DIFFRACTION100
3.7518-4.72610.23881530.18252537X-RAY DIFFRACTION100
4.7261-45.76210.19571240.21242551X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9097-1.3623-1.59721.82470.59393.32550.47980.37720.0023-0.1261-0.6832-0.39740.1054-0.08290.00020.4923-0.02260.01670.95530.15340.656919.6084-26.045-30.0471
23.0390.2169-0.0313.5889-0.41751.68480.13340.17810.1533-0.2327-0.1895-0.0109-0.37440.373-0.00050.4942-0.07340.03960.48940.00980.552911.7819-24.9783-9.1035
35.27930.57991.53033.2603-0.52714.50010.06670.3477-0.3423-0.28840.1311-0.0050.4064-0.018800.6792-0.0289-0.07760.5358-0.07490.607712.1582-24.147215.2695
40.6132-0.9706-1.57271.97120.82913.9353-0.120.11590.1980.76080.1005-0.3721-0.1609-0.23550.00020.7739-0.0269-0.10260.4617-0.03920.554615.1719-14.420733.5261
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る