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- PDB-3n4j: Putative RNA methyltransferase from Yersinia pestis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4j
タイトルPutative RNA methyltransferase from Yersinia pestis
要素RNA methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltransferase / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative RNA methyltransferase from Yersinia pestis.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7203
ポリマ－18,5281
非ポリマー1922
水2,594144
1
A: RNA methyltransferase
ヘテロ分子

A: RNA methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4406
ポリマ－37,0562
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area3750 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.719, 79.719, 44.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-283-

HOH

21A-295-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RNA methyltransferase


分子量: 18528.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 属: cspR / 株: CO92 / 遺伝子: cspR, YPO0071, YP_0071 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74Y93
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris buffer, 25% PEG MME 5000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月8日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→34.5 Å / Num. all: 26316 / Num. obs: 26316 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.867 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.811 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique all: 911 / Χ2: 1.09 / % possible all: 65

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MXI

1mxi


解像度: 1.47→34.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.381 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 1336 5.1 %RANDOM
Rwork0.143 ---
all0.145 26316 --
obs0.145 26316 94.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.98 Å2 / Biso mean: 22.58 Å2 / Biso min: 14.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20.39 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→34.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 10 144 1427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.9721907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00632300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5515181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2823.88167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.22315230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.121510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8831.5847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6061.5334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79921376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1353540
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6374.5520
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.732325
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.511 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 71 -
Rwork0.228 1277 -
all-1348 -
obs-1348 66.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.8056 Å / Origin y: 40.6277 Å / Origin z: 1.411 Å
111213212223313233
T0.0448 Å20.027 Å2-0.0122 Å2-0.0204 Å2-0.0036 Å2--0.0299 Å2
L0.703 °20.1044 °20.1739 °2-0.4908 °20.1403 °2--0.9916 °2
S0.0359 Å °-0.0011 Å °0.0019 Å °-0.0623 Å °-0.0326 Å °0.0274 Å °0.0182 Å °-0.0397 Å °-0.0034 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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