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- PDB-3n3k: The catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n3k
タイトルThe catalytic domain of USP8 in complex with a USP8 specific inhibitor
要素
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
キーワードHYDROLASE / PROTEASE / THIOL PROTEASE / UBL CONJUGATION PATHWAY / DEUBIQUITINATING ENZYME / DUB / ZINC RIBBON / INHIBITOR / UBIQUITIN / Isopeptide bond / Nucleus / Phosphoprotein / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of lysosomal protein catabolic process / : / : / protein modification process => GO:0036211 / endosome organization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity ...negative regulation of lysosomal protein catabolic process / : / : / protein modification process => GO:0036211 / endosome organization / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / protein deubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Maturation of protein E / Maturation of protein E / cytosolic ribosome / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / cellular response to dexamethasone stimulus / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4
類似検索 - 分子機能
: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. ...: / USP8 WW domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / : / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Papain-like cysteine peptidase superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Li, Y. / Allali-Hassani, A. / Lam, R. / Ernst, A. / Sidhu, S. / Weigelt, J. / Bountra, C. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Li, Y. / Allali-Hassani, A. / Lam, R. / Ernst, A. / Sidhu, S. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: A strategy for modulation of enzymes in the ubiquitin system.
著者: Ernst, A. / Avvakumov, G. / Tong, J. / Fan, Y. / Zhao, Y. / Alberts, P. / Persaud, A. / Walker, J.R. / Neculai, A.M. / Neculai, D. / Vorobyov, A. / Garg, P. / Beatty, L. / Chan, P.K. / Juang, ...著者: Ernst, A. / Avvakumov, G. / Tong, J. / Fan, Y. / Zhao, Y. / Alberts, P. / Persaud, A. / Walker, J.R. / Neculai, A.M. / Neculai, D. / Vorobyov, A. / Garg, P. / Beatty, L. / Chan, P.K. / Juang, Y.C. / Landry, M.C. / Yeh, C. / Zeqiraj, E. / Karamboulas, K. / Allali-Hassani, A. / Vedadi, M. / Tyers, M. / Moffat, J. / Sicheri, F. / Pelletier, L. / Durocher, D. / Raught, B. / Rotin, D. / Yang, J. / Moran, M.F. / Dhe-Paganon, S. / Sidhu, S.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Amino-terminal dimerization, NRDP1-rhodanese interaction, and inhibited catalytic domain conformation of the ubiquitin-specific protease 8 (USP8).
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Finerty, P.J. / Mackenzie, F. / Newman, E.M. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7513
ポリマ－54,6862
非ポリマー651
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.983, 69.983, 181.549
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / ...Ubiquitin thioesterase 8 / Ubiquitin-specific-processing protease 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / Ubiquitin isopeptidase Y / hUBPy


分子量: 45418.457 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0055, UBPY, USP8 / プラスミド: PET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P40818, EC: 3.1.2.15
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 9267.615 Da / 分子数: 1
Mutation: Q2R, F4V, T9M, K11R, T14I, Q62H, K63N, E64H, T66A, H68Y, V70L, R72K
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: RPS27A, UBA52, UBA80, UBB, UBC, UBCEP1, UBCEP2, UBQ
プラスミド: PET28ALIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 24% PEG3350, 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 1 MM DTT, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→37 Å / Num. all: 15464 / Num. obs: 15464 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 17.14
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.89 / Num. unique all: 1555 / Rsym value: 0.537 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2GFO, 3MTN

2gfo

3mtn


解像度: 2.6→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 22.248 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24237 769 5 %RANDOM
Rwork0.17777 ---
obs0.18083 14633 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.151 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0.18 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3463 0 1 112 3576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0181.9554809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4655432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47724.4175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93315653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6921520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3641.52149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71223456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.99531418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6914.51353
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.669 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 60 -
Rwork0.244 1063 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.38495.6546-5.72041.5276-2.15981.46990.2789-0.04960.41180.1332-0.04750.1841-0.1510.008-0.23150.33030.15190.11210.1695-0.14680.3937-1.14651.5572-3.7201
24.01351.1889-0.10783.32413.03284.50770.0870.08760.35740.12670.03190.0178-0.061-0.0432-0.1190.1632-0.01-0.04350.01830.01560.18348.9978-1.7997-7.6277
30.78070.22030.08390.66880.40380.2257-0.0471-0.00430.1012-0.0497-0.03020.118-0.03720.00810.07730.1441-0.0194-0.01650.10840.01340.13424.7383-14.0659-9.9334
43.79532.3612-1.27224.281-1.76023.25540.00810.0950.68010.03410.17440.5249-0.2221-0.2922-0.18240.09320.0362-0.03250.1235-0.03080.2494-13.6241-10.6837-10.9981
51.60360.8427-0.11441.3572-0.39531.30240.0189-0.13490.11420.1409-0.09750.0841-0.1003-0.11770.07860.14370.0102-0.00180.1137-0.02830.1476-0.2384-11.1329-4.0012
62.2451-0.04290.97850.65810.18891.29320.10040.02760.0670.0862-0.13660.0660.0048-0.00320.03620.1392-0.01150.01280.14-0.01120.1268-3.2934-21.9525-5.4593
72.58270.9577-0.99462.55541.76422.1665-0.3078-0.09780.0826-0.0671-0.33460.81780.1835-0.28240.64240.2439-0.0311-0.09710.2039-0.03590.332-23.9573-33.1261-14.7982
87.40821.93613.891112.68976.43244.23160.29470.5707-0.1829-0.5411-0.31690.2395-0.14520.00510.02210.16380.017-0.05090.42760.03420.11-17.8908-37.7292-26.2561
91.18251.00110.34390.90510.49480.724-0.0545-0.01920.1262-0.0385-0.02170.11160.0365-0.08720.07630.1206-0.02170.00490.11870.01690.1477-12.9963-27.1293-18.6016
100.83820.874-0.54110.9287-0.50110.5179-0.11750.0354-0.1186-0.12970.0647-0.05930.107-0.01110.05280.14710.005-0.01950.11880.00270.2059-1.2369-41.9922-16.9596
112.48222.6004-1.33993.0376-1.10050.9350.07-0.15810.09540.203-0.03260.01070.10220.2127-0.03740.19230.023-0.02590.11480.02070.2012-9.269-51.2953-8.5887
120.36940.32720.11870.37480.15330.06070.0568-0.0656-0.13550.1002-0.04-0.02680.0614-0.0256-0.01680.1799-0.0304-0.03650.14540.04310.18810.553-38.6458-11.5713
130.83060.8091-0.44681.2843-0.43471.6109-0.01390.2273-0.0269-0.13510.06760.05790.13220.177-0.05370.1120.0477-0.00510.1672-0.04220.14636.1921-32.9898-23.0112
141.1296-0.2461.11640.79490.0571.3224-0.03540.09490.0489-0.00010.0049-0.1324-0.13640.0590.03050.114-0.01040.00640.12990.0040.132411.9015-20.8227-15.2498
151.28360.34920.39710.66620.45930.3507-0.0410.10650.0139-0.05330.0681-0.1028-0.04730.1066-0.02710.1155-0.03820.00330.16370.03010.151713.6018-19.695-16.5907
160.155-0.4847-0.82181.30350.23574.81-0.17380.0507-0.01190.37650.16530.07240.3472-0.57550.00850.1915-0.0650.05530.20130.02830.1362-15.195-32.8535-3.8824
1710.12763.0022-5.78921.4037-2.67236.21740.46280.1299-0.54510.2898-0.17550.1012-0.161-0.2828-0.28730.2629-0.18380.06550.3442-0.020.2032-14.2239-35.5263-6.667
1811.28991.885-13.38980.4311-2.281913.5672-0.14320.2113-0.57690.1882-0.4286-0.0250.0608-0.15560.57180.1991-0.31270.12170.6812-0.07650.1499-16.8659-39.05027.2872
1910.3961-2.91912.5634.15992.58924.2051-0.03040.02180.0655-0.1371-0.1820.1630.0018-0.14790.21240.2463-0.1168-0.04230.10170.02030.2117-10.4171-43.5057-1.7781
202.83193.1525-1.04945.11291.14043.1510.341-0.2544-0.19150.5105-0.2009-0.40780.11760.1349-0.14010.1702-0.1151-0.04180.20840.01110.1209-6.3424-33.96153.5473
214.87570.30760.70866.52150.03597.29420.4436-0.90480.22950.1994-0.39150.37190.0892-0.1317-0.05220.1913-0.10540.11640.275-0.03840.0837-14.1122-30.67339.6865
221.00551.2236-0.62631.69430.50083.50210.0328-0.06210.08010.1502-0.17260.0184-0.0991-0.38310.13980.21580.0095-0.0660.2544-0.06850.2268-15.466-29.4622-1.1608
2318.64241.39985.6305-3.23581.2593-0.22980.0285-0.12970.5963-0.0821-0.138-0.14370.24320.00430.10951.2872-0.1435-0.23930.14340.32430.54781.8325-37.66510.5635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A756 - 763
2X-RAY DIFFRACTION2A764 - 775
3X-RAY DIFFRACTION3A776 - 805
4X-RAY DIFFRACTION4A806 - 820
5X-RAY DIFFRACTION5A821 - 862
6X-RAY DIFFRACTION6A863 - 886
7X-RAY DIFFRACTION7A887 - 901
8X-RAY DIFFRACTION8A902 - 910
9X-RAY DIFFRACTION9A911 - 932
10X-RAY DIFFRACTION10A933 - 971
11X-RAY DIFFRACTION11A972 - 990
12X-RAY DIFFRACTION12A991 - 1020
13X-RAY DIFFRACTION13A1021 - 1049
14X-RAY DIFFRACTION14A1050 - 1079
15X-RAY DIFFRACTION15A1080 - 1110
16X-RAY DIFFRACTION16B1 - 8
17X-RAY DIFFRACTION17B9 - 17
18X-RAY DIFFRACTION18B18 - 27
19X-RAY DIFFRACTION19B28 - 38
20X-RAY DIFFRACTION20B39 - 46
21X-RAY DIFFRACTION21B47 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22B63 - 69
23X-RAY DIFFRACTION23B70 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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