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万見
- PDB-3n39: Ribonucleotide Reductase Dimanganese(II)-NrdF from Escherichia co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n39
タイトルRibonucleotide Reductase Dimanganese(II)-NrdF from Escherichia coli in Complex with NrdI
要素
  • Protein nrdI
  • Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / four-helix bundle / dimanganese cluster / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein modification process / FMN binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A ...Ribonucleotide reductase, class Ib, NrdI, bacterial / Ribonucleotide reductase Class Ib, NrdI / NrdI Flavodoxin like / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Flavodoxin domain / Ferritin-like superfamily / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / : / Protein NrdI / Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Boal, A.K. / Cotruvo Jr., J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structural basis for activation of class Ib ribonucleotide reductase.
著者: Boal, A.K. / Cotruvo, J.A. / Stubbe, J. / Rosenzweig, A.C.
履歴
登録2010年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
C: Protein nrdI
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta
D: Protein nrdI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,51510
ポリマ－107,3834
非ポリマー1,1326
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.403, 90.721, 143.787
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase 2 subunit beta / Ribonucleotide reductase 2 / R2F protein


分子量: 36475.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2676, JW2651, nrdF, ygaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37146, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: タンパク質 Protein nrdI


分子量: 17216.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nrdI, ygaO, b2674, JW2649 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A772
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化pH: 7.6
詳細: 20% PEG 3000, 0.1 M HEPES pH 7.6, 0.1 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0781 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→33.84 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N37 and 1RLJ

3n37

1rlj


解像度: 2.5→33.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 23.547 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1595 5.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 31363 90.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.8 Å2 / Biso mean: 58.999 Å2 / Biso min: 6.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→33.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6591 0 66 20 6677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0226818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8561.9679272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1465818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.8424.096332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.323151131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1131546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2021.54092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.37626598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.36332726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6324.52673
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 81 -
Rwork0.301 1466 -
all-1547 -
obs--61.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37110.2220.06310.9148-0.11041.09150.0129-0.01120.0522-0.106-0.0394-0.0670.03230.0550.02650.19650.006-0.010.20680.01830.2182-9.8892-30.866710.1004
23.12810.5294-0.78454.28421.19334.96470.2055-0.3050.37440.1186-0.10180.2484-0.3262-0.1026-0.10370.1071-0.02260.06020.1253-0.03460.2256-14.444-9.339328.2018
30.29410.4683-0.18071.3483-0.50171.90540.0216-0.04420.0084-0.05830.0065-0.0260.1880.0026-0.02810.17620.0015-0.00770.20110.01210.204-22.3155-56.043930.2081
47.70412.1182.2575.8894-0.36347.0471-0.2091-0.38320.6033-1.65290.80940.20760.7172-0.4504-0.60030.6937-0.3997-0.23270.17390.10950.1855-40.7269-66.660411.3035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2C-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3A-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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