PDB-3n2o: X-ray crystal structure of arginine decarboxylase complexed with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n2o

タイトル

X-ray crystal structure of arginine decarboxylase complexed with Arginine from Vibrio vulnificus

要素

Biosynthetic arginine decarboxylase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine decarboxylase / arginine decarboxylase activity / putrescine biosynthetic process from arginine / spermidine biosynthetic process / L-arginine catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Deng, X. / Lee, J. / Michael, A.J. / Tomchick, D.R. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Evolution of substrate specificity within a diverse family of beta/alpha-barrel-fold basic amino acid decarboxylases: X-ray structure determination of enzymes with specificity for L- ...
著者: Deng, X. / Lee, J. / Michael, A.J. / Tomchick, D.R. / Goldsmith, E.J. / Phillips, M.A.

履歴

登録	2010年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n2o.cif.gz	496.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n2o.ent.gz	410.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n29C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ii2-d 3nzq-2 6sjd-1 3n04-d 3nsx-d 3mkk-d 3ojj-d 2pmi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Biosynthetic arginine decarboxylase

B: Biosynthetic arginine decarboxylase

C: Biosynthetic arginine decarboxylase

D: Biosynthetic arginine decarboxylase

ヘテロ分子

296 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Biosynthetic arginine decarboxylase

B: Biosynthetic arginine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Biosynthetic arginine decarboxylase

D: Biosynthetic arginine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
148 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.648, 119.365, 121.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Biosynthetic arginine decarboxylase / ADC 分子量: 73639.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: YJ016 / 遺伝子: ADC, speA, VV1986 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7MK24, arginine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン分子量: 130.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄N₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 12% PEG 4000., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→121.1 Å / Num. all: 128263 / Num. obs: 127349 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.888 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→121.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 15.247 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.1 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23921	6366	5 %	RANDOM
R_work	0.17878	-	-	-
all	0.1962	128263	-	-
obs	0.18182	127349	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.874 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	1.9 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→121.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20053	0	96	443	20592

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	20533
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.831	1.956	27832
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.756	5	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.327	24.717	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.219	15	3526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.203	15	136
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	15748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.032	1.5	12492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.007	2	20140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.494	3	8041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.421	4.5	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	5005	medium positional	0.36	0.5
2	2	B	4997	medium positional	0.52	0.5
1	1	A	5005	medium thermal	1.3	2
2	2	B	4997	medium thermal	1.13	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	439	-
R_work	0.249	7954	-
obs	-	-	89.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0856	0.0246	-0.0532	0.2126	0.0726	0.2577	0.0235	-0.0079	-0.0302	0.0913	-0.0079	-0.0558	0.0433	0.0103	-0.0155	0.0595	0.0071	-0.0128	0.0159	0.0114	0.0409	14.1457	31.0721	47.2305
2	0.0305	0.0551	0.0058	0.1187	0.0451	0.1553	0.0095	0.0146	-0.0025	0.027	0.0124	0.0072	-0.009	-0.0253	-0.0219	0.0218	0.0098	0.0218	0.0299	0.0008	0.0315	-3.7623	39.7275	32.2098
3	0.0737	0.0675	0.0556	0.2037	0.0299	0.1699	-0.0105	0.0135	0.0024	0.0131	0.0026	-0.0305	-0.0319	0.0106	0.0079	0.0174	-0.0046	0.0116	0.0401	0.0121	0.0452	28.8326	73.9413	18.5555
4	0.0889	0.0646	-0.0125	0.1517	0.0368	0.1568	-0.0114	0.009	-0.0516	0.0036	-0.0007	-0.0903	0.0182	0.0556	0.0122	0.0077	0.0083	0.0125	0.0542	0.0116	0.0884	45.4257	55.6119	17.8681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 639
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1002
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	11 - 638
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1001
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1002
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	12 - 638
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1001
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1002
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	11 - 638
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1001
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1002

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関連情報:EMDBヘッダ

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