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- PDB-6sjd: ZC3H12B-ribonuclease domain bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjd
タイトルZC3H12B-ribonuclease domain bound to RNA
要素
  • Probable ribonuclease ZC3H12B
  • RNA (5'-R(*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*UP*AP*GP*CP*A)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PIN RNase domain / splice donor sequence RNA / degradation of cytoplasmic viral and/or unspliced transcripts
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / mRNA binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Rege-1, UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ZC3H12, C-terminal domain / UBA-like domain / Endoribonuclease Regnase 1/ ZC3H12 C-terminal domain / Ribonuclease Zc3h12a-like, NYN domain / : / Zc3h12a-like Ribonuclease NYN domain / Rossmann fold - #11980 / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / RNA / RNA (> 10) / Probable ribonuclease ZC3H12B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Morgunova, E. / Bourenkov, G. / Taipale, J.
引用ジャーナル: Genome Res. / 年: 2020
タイトル: Binding specificities of human RNA-binding proteins toward structured and linear RNA sequences.
著者: Jolma, A. / Zhang, J. / Mondragon, E. / Morgunova, E. / Kivioja, T. / Laverty, K.U. / Yin, Y. / Zhu, F. / Bourenkov, G. / Morris, Q. / Hughes, T.R. / Maher 3rd, L.J. / Taipale, J.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Probable ribonuclease ZC3H12B
A: Probable ribonuclease ZC3H12B
D: RNA (5'-R(*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*UP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5596
ポリマ－48,3743
非ポリマー1863
水45025
1
B: Probable ribonuclease ZC3H12B
A: Probable ribonuclease ZC3H12B
D: RNA (5'-R(*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*UP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

B: Probable ribonuclease ZC3H12B
A: Probable ribonuclease ZC3H12B
D: RNA (5'-R(*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*UP*AP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,11912
ポリマ－96,7476
非ポリマー3716
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)114.237, 114.237, 165.268
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain B
21(chain A and (resid 1 or resid 185 through 352))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain BB185 - 1001
211(chain A and (resid 1 or resid 185 through 352))A0

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要素

#1: タンパク質 Probable ribonuclease ZC3H12B / MCP-induced protein 2 / Zinc finger CCCH domain-containing protein 12B


分子量: 20810.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZC3H12B, CXorf32, MCPIP2 / プラスミド: PETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q5HYM0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*UP*CP*GP*GP*UP*AP*GP*CP*A)-3')


分子量: 6752.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: magnesium chloride, sodium cacodilate, 2-methyl-2,4-pentandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→93.972 Å / Num. obs: 13344 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 106.62 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.436 / Rpim(I) all: 0.088 / Rrim(I) all: 0.445 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.291-3.53226.75.3576680.271.0515.46158.1
10.198-93.972519.90.0726660.9970.0170.07599.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.9 Å93.97 Å
Translation3.9 Å93.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V33

3v33


解像度: 3.29→66.954 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 684 5.13 %
Rwork0.2349 12653 -
obs0.2371 13337 77.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 439.75 Å2 / Biso mean: 134.8022 Å2 / Biso min: 24.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.29→66.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2847 363 7 25 3242
Biso mean--184.29 74.98 -
残基数----363
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B1516X-RAY DIFFRACTION20.314TORSIONAL
12A1516X-RAY DIFFRACTION20.314TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2902-3.54430.412350.348969722
3.5443-3.90090.3471070.303212166
3.9009-4.46530.2861660.2324313697
4.4653-5.62530.21841820.21213257100
5.6253-66.9540.29591940.23093442100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.051-0.0296-0.04320.27380.03180.06540.0198-0.1026-0.21190.28780.11310.16210.0652-0.03980.19430.8980.0058-0.2563-0.0463-0.08510.350928.9235-16.2014-17.4003
20.03190.0857-0.00670.1873-0.00040.01440.04-0.0137-0.14190.11480.0159-0.30450.1567-0.02060.20121.0353-0.0094-0.1659-0.19270.11060.356723.8196-43.7198-20.0682
30.0085-0.01860.00830.03450.01060.0040.21650.07680.07790.04440.03940.0953-0.1841-0.09990.00010.65860.01570.03530.6412-0.10981.221412.5841-10.5366-41.6086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 185 through 352)B185 - 352
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 184 through 361)A184 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 3 through 19)D3 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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