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- PDB-3n26: Cpn0482 : the arginine binding protein from the periplasm of chla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n26
タイトルCpn0482 : the arginine binding protein from the periplasm of chlamydia Pneumoniae
要素Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vaccine development / Alpha and Beta protein (a/b) / Structural Genomics / BacAbs - EU FP6 programme / Marseilles Structural Genomics Program @ AFMB / MSGP
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ, PBP2 domain / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ / Probable ABC transporter arginine-binding protein ArtJ
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydophila pneumoniae (肺炎クラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petit, P. / Garcia, C. / Vuillard, L. / Soriani, M. / Grandi, G. / Marseilles Structural Genomics Program AFMB (MSGP) / Marseilles Structural Genomics Program @ AFMB (MSGP)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
著者: Soriani, M. / Petit, P. / Grifantini, R. / Petracca, R. / Gancitano, G. / Frigimelica, E. / Nardelli, F. / Garcia, C. / Spinelli, S. / Scarabelli, G. / Fiorucci, S. / Affentranger, R. / ...著者: Soriani, M. / Petit, P. / Grifantini, R. / Petracca, R. / Gancitano, G. / Frigimelica, E. / Nardelli, F. / Garcia, C. / Spinelli, S. / Scarabelli, G. / Fiorucci, S. / Affentranger, R. / Ferrer-Navarro, M. / Zacharias, M. / Colombo, G. / Vuillard, L. / Daura, X. / Grandi, G.
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年6月16日ID: 3G41
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8502
ポリマ－27,6751
非ポリマー1751
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 51.600, 206.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein / Arginine periplasmic binding protein


分子量: 27674.795 Da / 分子数: 1 / 断片: Soluble domain (UNP residues 23-259) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydophila pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: artJ, CP_0272 / プラスミド: pET21b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JS59, UniProt: Q9Z869*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.4 Å / Num. all: 17234 / Num. obs: 16816 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DEL

3del


解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 856 -RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.193 16272 100 %-
all-17128 --
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1813 0 12 203 2028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.15
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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